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(無題) 削除/引用 No.205-10 - 2007/09/19 (水) 16:42:00 - えーっと T様、うーんと様、貴重な情報ありがとうございます。 T様、 ２箇所入っていた変異のうち、１箇所はT様に教えていただいたX61098と一致しました。もう１箇所はN末側で２塩基ことなり、121、122番目のアミノ酸が置換してしまう変異です。 自分自身の検索の甘さを痛感しました。もう一度、検索をかけてみて、もう一方の変異を含むものが登録されていないか調べてみます。 もし、登録されていないようであれば、うーんと様の助言どおり、まずデータベースに登録してから、発表の方に移りたいと思います。

(無題) 削除/引用 No.205-9 - 2007/09/19 (水) 14:53:40 - う〜んと 配列データベースには、論文で使用した遺伝子の配列を公開するという意義もありますから、新規な配列であれば登録してその配列の遺伝子断片を使用したと論文に書けばよいということです。 もしTさんの書かれているように既知の配列でしたら、新たに登録必要はなくどれそれの配列の遺伝子断片を実験に使用したと記述すればよいでしょう。

(無題) 削除/引用 No.205-8 - 2007/09/19 (水) 09:26:16 - Ｔ Accession NM_012689 や S52128 で報告されている配列とは別に、コーディングが２ベース異なる X61098 というものが報告されていますが、この部分ではないですか？ 前者も独立に２箇所から報告されているので、読み間違いというよりは SD と Wister の系統差の可能性が高そうです。

(無題) 削除/引用 No.205-7 - 2007/09/19 (水) 04:51:43 - 遺伝子 うーんと様お返事ありがとうございます。 重要なサイトで無い場合は注釈なしでそのまま使ってもいいのですね。 注釈なしで使用した場合、後々困ることは無いのでしょうか？例えば、論文発表後にプラスミドの請求等が来た場合はどう対応すべきなのでしょうか？ 請求先には変異があることを素直に言えばいいのでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.205-6 - 2007/09/18 (火) 02:30:22 - う〜んと まず配列をDDBJ等に登録するべきでしょうね。 その際にバンクが、系統など詳細な生物情報を確認してくると思います。 論文では、問題のサイトが特別重要でなければ特にメンションする必要もないと思います。大切なことは論文に正確な配列情報が記載されていることですから、過去に他人がクローンしたものと配列が違っていても論文の中では問題ないですね。結果や現象が違ってくるなら別の仕事にすればいいです。

(無題) 削除/引用 No.205-5 - 2007/09/17 (月) 18:22:08 - 遺伝子 中年様、a様、お返事ありがとうございます。 はっきり言いますと、遺伝子はestrogen receptor 1なのですが、そのミスマッチが原因で、アミノ酸が変化してしまいます。変化したアミノ酸配列が、マウスやヒトと同じアミノ酸配列になります。 ジーンIDにある配列はすべて1987年のもののみです。ただ、自分でクローニングした配列を基にblastをかけてみると、自分のクローンにマッチしたゲノム配列が出てきます。 変化したアミノ酸配列が、マウスやヒトのアミノ酸配列と同じであり、blastでも同じ配列が出てきているので、このままの使用も考えている状況です。 ただ、このまま使用する場合、発表時に上記のようなことを記述すれば、問題ないのでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.205-4 - 2007/09/17 (月) 18:05:56 - a SNPの可能性など考えられますが、1987年当時ですとシークエンス自体が一仕事だと思いますので、読み間違いかもしれません。 ゲノムデータとも一致するのなら、私は現在のデータを信じますが。 他にGenebankに登録されていませんか？あと、アミノ酸配列は変化しますか？

(無題) 削除/引用 No.205-3 - 2007/09/17 (月) 17:55:07 - 中年 それは、ラットの系統による多型かもしれませんが、論文のシークエンスの誤りだと思いますよ。根拠も無くこんなこと言うと叱られそうですが。その頃のシークエンスはポリメラーゼも基質も今より読み癖の強いものが使われていたので、ＧＣ配列のところで二次構造を取って泳動度が逆転していたり、注意深い読み手でないと小さな間違いは良くあったようです。 ラットはゲノム配列が公開されているので、ご自身の決められた配列がそちらと一致していれば、データベースの誤りだということが確認できます。 いずれにせよ、独立のクローンでその配列であるということは、ＰＣＲのエラーではないわけですから、そのままお使いになって良いと思います。

一部間違い 削除/引用 No.205-2 - 2007/09/17 (月) 17:26:55 - 遺伝子 すいません、遺伝子AのmRNAが報告されてたのは、1987年でした。。。

データベース上の遺伝子配列と違う 削除/引用 No.205-1 - 2007/09/17 (月) 17:21:36 - 遺伝子 いつも参考にさせていただいてます。 現在、ラットのある遺伝子AをcDNAライブラリーからPCRでクローニングしています。 得られたクローンを報告（1994年）されているmRNA配列と比較した結果、すべてのクローンで２箇所においてミスマッチが見られました。そこで、さらにハイフィディリティの酵素でPCRし直してクローンを得ましたが、すべてにおいて同様に２箇所のミスマッチが見られました。 ちなみにその２箇所については、得られたクローンとマウス・ヒトの遺伝子A間では配列はマッチしています。また、NCBI上で報告されているラットゲノム配列ともマッチしています。 こういった場合、皆さんはどういう風にこの先進めますか？ ２箇所のミスマッチを報告されているラットmRNAのものとマッチさせるため、サイトダイレクトミュータジェネシス等で変異させますか？ または、このままの配列で使用しますか？ ちなみに、使用目的は１）HEKでの過剰発現と２）In vitroでリン酸化されるかみる、ということです。ミスマッチ部位はS、T、Yの部分ではありません。 皆様の意見をお聞かせいただければ幸いです。

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