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(無題) 削除/引用 No.2045-9 - 2008/10/03 (金) 17:00:47 - AP >motifは、ある保存された配列上の特徴。 ちょっと書き足して、 motifは、ある保存された配列上の特徴で、比較的規模の小さい単位（残基数や長さで）をなすもの。 motifと言うくらいだから、100残基とか大きいものにはなじまないですね。

(無題) 削除/引用 No.2045-8 - 2008/10/03 (金) 16:49:23 - AP >横レスになりますが日本人のある転写因子の構造屋の先生から聞いたdomainとmotif定義の違いなのですが違うのですか？ >たとえばHelix-Loop-HelixやbZipなどのmotifならDNAとの結合なしに完全な三次元構造を保持できなかったと記憶していますが。 ほんとかしらと思って、LSDで共起表現を調べたり、Google Scholarで検索してみたんですが、LSDでcorpusをHLH domainもHLH motifも同じくらい使われていますねえ。 domainとmotifについて、 http://mrw.interscience.wiley.com/emrw/047001590X/home/ http://www.mblab.gla.ac.uk/%7Ejulian/Dict.html それと手元にあった「遺伝学用語辞典」（東京化学同人） 3つの辞典で調べてみても、微妙に違い、明らかに食い違うところもあります。 domain, module, motif, region, segment, portion, signatureなどなと、似ているようで違うような用語がいろいろありますが、すべて特別なtechnical termではない普通の言葉で、大元ははネイティブの英語の言語感覚に基づいているでしょうから、境界は曖昧でオーバーラップするところもあると思います。明らかな誤用以外は書き手の感覚にまかされていいのでは。 私の感覚でトピ主さんの質問に答えると regionは、任意のcriteriaで切り分けた領域で、criteriaには物理的な位置（N-termius regionとかinternal regionとか）でもいいし、機能単位でも良いし（domainとかぶりますが）、配列上の特徴でも（Gln-rich regionとか、あるmotifからなる領域とか）、その他いろいろあり得ると思います。 domainは、特に機能単位に着目して切り分けたregion (多くの場合、配列の保存性があるはずだけれども、必ずしもそうでなくても、例えば類似タンパクしつがなくて配列の保存性がわからなかったり、配列の保存性がなくても機能単位で切り分けられるなら、assignは可能）。 motifは、ある保存された配列上の特徴（保存された配列は、機能的にも類似だと予想しうる）。あるmotifがある機能と密接に関連があることがestablishされている場合は、機能を主眼としたdomainと似た感覚で使われる場合もある。

(無題) 削除/引用 No.2045-7 - 2008/10/03 (金) 15:15:18 - A >[Re:5] おおさんは書きました : > >[Re:3] Aさんは書きました : > > motifは転写因子ならDNAと結合している時にだけ三次構造 > > を取る事のできるregionのことです。 > > え?! 横レスになりますが日本人のある転写因子の構造屋の先生から聞いた domainとmotif定義の違いなのですが違うのですか？ たとえばHelix-Loop-HelixやbZipなどのmotifならDNAとの結合なしに 完全な三次元構造を保持できなかったと記憶していますが。

(無題) 削除/引用 No.2045-6 - 2008/10/03 (金) 09:40:29 - おお >[Re:2] 下っ端さんは書きました : > ドメインは正式には、それ自身としてある程度独立した構造を取っていることが分かっている場合にしか使うべきではありません。 これは確かMolecular biology of the cellにのっている定義だったと思います。 でも結構構造が分かってなくても、ファンクショナルな領域をドメインといったり、ファンクションが分かってなくてもあるモチーフ(コンセンサスシーケンスが保存されているもの)があるところをドメインといっていたりもします(正しいかどうかはおいておいて)。 幾らか思うことがあるのですが、ドメインを一つの構造単位と考えた場合、そのタンパクの構造が分かってなくてはいけません。しかしかなりのたんぱく質がモチーフから割り出され、おそらく同じモチーフをもつ違うタンパクで構造がすでに調べられた物と同じような構造を取るだろうという予測でしかありません。そうすると構造単位のドメインといっていいかどうか分からない部分が可也出てくると思います。 もう一つは特定の構造を持たない状態で存在し、その領域が機能を持っている場合ドメインでないのかとういう矛盾も生じてくるのではないでしょうか。 これらのことを考慮に入れてあるモチーフを持った(おそらく)何か機能を持っているあるいは構造的なひとかたまりをコードする領域をドメインと解釈しているのが一般的で実用的ではないかと思います。 region は普通の英和事典に載っている訳ぐらいの意味でしかないと思います。生化学的に特別な意味はないかと、、、

(無題) 削除/引用 No.2045-5 - 2008/10/03 (金) 08:51:18 - おお >[Re:3] Aさんは書きました : > motifは転写因子ならDNAと結合している時にだけ三次構造 > を取る事のできるregionのことです。 え?!

(無題) 削除/引用 No.2045-4 - 2008/10/02 (木) 18:33:28 - ポーン この世にはGoogleやYahooなどの検索サイトというものがあって、とっても便利なものなので是非試してみられてはいかがですか？試しにやってみたら次のようなサイトが見つかりましたよ。 http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%82%BF%E3%83%B3%E3%83%91%E3%82%AF%E8%B3%AA%E3%83%89%E3%83%A1%E3%82%A4%E3%83%B3

(無題) 削除/引用 No.2045-3 - 2008/10/02 (木) 18:27:49 - A ちょっと横レスですが似たような言葉に転写因子でよく使われる motifという言葉があります。domainとmotifの違いは前者は 下っ端さんがおっしゃっているようにそれ自体で三次構造を取れる region、motifは転写因子ならDNAと結合している時にだけ三次構造 を取る事のできるregionのことです。 ですから言葉からするとdomainとmotifはregionに含まれるという 感じでしょうか。regionには構造をとらないloop regionのような ものもありますから。

(無題) 削除/引用 No.2045-2 - 2008/10/02 (木) 10:27:31 - 下っ端 ドメインは正式には、それ自身としてある程度独立した構造を取っていることが分かっている場合にしか使うべきではありません。

region とdomain の使い分け 削除/引用 No.2045-1 - 2008/10/02 (木) 10:13:51 - クー 蛋白質の一部を示す用語として、region とdomain がありますが、どの様に使い分けられているのでしょうか？

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