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(無題) 削除/引用 No.2017-8 - 2008/09/26 (金) 11:53:54 - おお >[Re:7] eduさんは書きました : > 皆様ありがとうございます。場合によりけり、と理解致しました。また、kinase deadの有効利用の可能性もありがとうございます。 > Y2Hの方が一般的かと思いタイトルにY2Hと書きましたが、実際は、「tandem affinitity purification (TAP) system -> 質量分析」で比較的新規な蛋白質（今のところ相互作用因子の報告無し）の相互作用因子を見つけたいと思って実験準備している次第です。 そういうことならば私なら両方たち上げるでしょう、きっと。 TAPシステムはライセート扱える様なものでないと難しいですね。あと、気をつけないといけないのはマスの感度が結構よいことが逆に解析を困難にさせる可能性があります。200とか300個可能性のあるたんぱく質が上がってきて、一つのたんぱく質がそんないいっぱいのものと直接コンタクトしてるわけないんじゃないとかいう場合もあります。基質からキナーゼを見つけるなら200とか300個ときても、キナーゼようの配列を持つもの優先にと解析を進めれますが。

ありがとうございました 削除/引用 No.2017-7 - 2008/09/26 (金) 10:26:59 - edu 皆様ありがとうございます。場合によりけり、と理解致しました。また、kinase deadの有効利用の可能性もありがとうございます。 Y2Hの方が一般的かと思いタイトルにY2Hと書きましたが、実際は、「tandem affinitity purification (TAP) system -> 質量分析」で比較的新規な蛋白質（今のところ相互作用因子の報告無し）の相互作用因子を見つけたいと思って実験準備している次第です。ものがkinase活性を有しているので、基質も見つかってくるといいなと思っていたのですが、ふと気になって投稿させていただきました。 御教授ありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.2017-6 - 2008/09/26 (金) 10:24:34 - 弘法 「とか」で何を指しておられるのか分からないので、そちらに関しては方法を特定していただけませんか。

(無題) 削除/引用 No.2017-5 - 2008/09/26 (金) 10:11:13 - 弘法 最もよく知られた例では、Jnkとその基質のJunはtwo-hybridで陽性です。

(無題) 削除/引用 No.2017-4 - 2008/09/26 (金) 10:00:37 - student そのような実験はやったことないので、個人的な主観で答えると おそらくタンパク質によりけりだと思います。 結合がタイトなキナーゼと基質もあれば、結合が全く見えないが基質であることもあります。 実際わたしが昔行っていたキナーゼとその基質もリン酸化されることはよく知られていましたが、ＩＰされることはまったく報告されていませんでした。 ですがそのキナーゼにたいして別のタンパク質は常に結合してリン酸化もされていました。 おそらくその場合Ｙ２Ｈすると、前者は見つからないが、後者のような場合は見つかると思います。

(無題) 削除/引用 No.2017-3 - 2008/09/26 (金) 09:56:15 - 弘法 そういう例はありますが、必ず見つけられるというものでもありません。古典的な酵素・基質の関係ではなくて、docking interactionによって基質が認識されているようなケースで有効だった例が知られています。

(無題) 削除/引用 No.2017-2 - 2008/09/26 (金) 09:56:09 - おお 断言できませんが、見つけれる可能性はそこそこあると思います。見つかった例もあるんじゃないかなと思いますが(というより絶対にあると思います、というか根拠のない確信があります)。 ちょっと工夫するとしたら、大抵の酵素反応は基質が反応して反応プロダクトができると、酵素の親和性が落ちる事で基質を放出して新しい基質を取り込むことができると考えられています(総べてにたいして当てはまるとはかぎらないでしょうけど)。ですから、キナーゼ活性のないミュータントはより基質を長く保持する可能性がありますので、スクリーニングに有利かもしれません。 ま、そこまでしなくても拾える時は拾えると思いますし、うまく理屈通りにいくか検証をを取っている手間を考えると、どこまで実用的かという面で懐疑的な部分もありますが。うまくレビューを見つければある程度分かるかもしれません。最近はNCBIで遺伝子(タンパク)を当たると、Y2Hで相互作用が認められている相手とか探せるので、そこで似たようなキナーゼで基質がリストに上がっているかなどもチェックできるのではとも思います。

yeast two-hybrid とかでkinaseの基質を見つけられますか？ 削除/引用 No.2017-1 - 2008/09/26 (金) 09:37:55 - edu トピックの通りですが、yeast 2 hybrid とかの相互作用（結合）蛋白質を探索する方法で、kinaseの基質を見つける事ができるのでしょうか？お教え下さい。

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