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(無題) 削除/引用 No.2005-12 - 2008/09/24 (水) 16:35:29 - 582-534 みなさま、ありがとうございます。 教えていただいたサイトについて検討させていただきたいと思います。

(無題) 削除/引用 No.2005-11 - 2008/09/24 (水) 15:30:08 - おお >[Re:10] 582-534さんは書きました : > なるほど・・・結構安易に考えていました。 > 勉強になります。 かなり否定的に書いてしまいましたので何か発展的な事はないかとちょっと考えてみました。 逆にどういう構造になっていれば、理屈に会うかという観点からそれに合わすように構造を作っていくと言う方法が取れるかもしれませんね。例えば、そのペプチドがあるタンパクのどの部分についているとか、どことどこにコンタクトしているとか、、、 そういうのだとなにかアプローチの方法があるかもしれません(NMRが一番やりやすいでしょうが生化学的にも可能性があるかもなとぼんやりと思っています)。 とはいっても、構造を決めている人は構造が決まらないと信じないような気がしますし、メチャメチャ難しいアプローチとは思いますが、、、

(無題) 削除/引用 No.2005-10 - 2008/09/24 (水) 15:05:18 - 582-534 なるほど・・・結構安易に考えていました。 勉強になります。

(無題) 削除/引用 No.2005-9 - 2008/09/24 (水) 15:03:29 - 582-534 ありがとうございます。 調べてみます。

(無題) 削除/引用 No.2005-8 - 2008/09/24 (水) 15:02:44 - おお >[Re:5] 582-534さんは書きました : > 例えば、注目したい15merアミノ酸に限らず、100mer程度あれば2次、3次構造を見るのは可能でしょうか？ > たぶんAPさんが示したところで、配列をいれると構造を"予測"してくれると思います。 特に3次構造は場合によっては結構無理矢理なとか、いい加減なものが帰ってくるかもしれません。 配列があれば構造が分かると安直に思わないほうがいいかとおもいます。最近タンパクの構造を決める研究は盛んになってきましたが、自由度が高くて決められない物(タンパクの半分以上の部分がそれ自身では特定の構造を持っていない)というのがまあまああるようです。 15mer程度なら、ペプチド結合の自由度から、非常にラフな2^14個の可能性を見ることができると思います。

(無題) 削除/引用 No.2005-7 - 2008/09/24 (水) 14:59:42 - AP Windows版のソフトだとこの中に使えそうなのがあるかも。 http://molbiol-tools.ca/molecular_biology_freeware.htm#Protein%20analysis マカーなので、ブックマークしていたものの試したソフトはないのですが。 昔、Mac classicで使っていたフリーウェアもあったのですが、最近の同種のソフトは心当たりがありません。

(無題) 削除/引用 No.2005-6 - 2008/09/24 (水) 14:32:03 - AP たとえば www.predictprotein.org/ www.cmpharm.ucsf.edu/~nomi/nnpredict.html 上と重複があるかもしれませんが、リンク集 www.biosupplynet.com/btk07/

(無題) 削除/引用 No.2005-5 - 2008/09/24 (水) 14:00:36 - 582-534 なるほど・・・ありがとうございます。 例えば、注目したい15merアミノ酸に限らず、100mer程度あれば2次、3次構造を見るのは可能でしょうか？ けれども、やはりソフトを購入しなければならないのでしょうか。 オープンになっているサービスはないのでしょうか・・・

(無題) 削除/引用 No.2005-4 - 2008/09/24 (水) 13:53:42 - AP 他の方たちの繰り返しになりますが、 15残基といえば、alpha helixでたった4周くらいですから、3次元構造といっても、、、、各種三次構造予測ソフトも30残基くらいないと有効ではないようです。 helixをとるかsheetをとるかくらいの二次元構造予測はよくあるソフトでできます（どれくらい意義があるのかは？）。 それくらいの小ペプチドなら、分子モデリングで側鎖の種類と分布などを見た方が特徴がでるかもしれません。

(無題) 削除/引用 No.2005-3 - 2008/09/24 (水) 11:19:10 - K 私も15残基のペプチドの立体構造を示すデータベースを探したのですが、 20残基から、が限界だった記憶があります。テンプレートが報告されていなければわからないかもしれません。 ひとつ方法としては3D Chemdrawで構造を書くというのがありますが、 これは実測のテンプレートによるものではないと聞いています。

(無題) 削除/引用 No.2005-2 - 2008/09/24 (水) 10:40:29 - おお 高次的な構造はまず決められないと思います。モチーフが見つかれば分かる可能性がありますが、、 2次構造ならもしかしたら決まるかもしれません。

アミノ酸3D構造検索方法 削除/引用 No.2005-1 - 2008/09/24 (水) 10:21:56 - 582-534 15mer程度のアミノ酸の3D構造を解析できるサービスをご存知の方、教えていただけませんか？ 構造を知りたいアミノ酸配列が手元にあり、BLAST検索のように配列をいれたら構造を提示してくれるサービスを探しています。 よろしくお願いいたします。

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