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レポータージーンアッセイのプラスミドの比率について
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No.2001-TOPIC - 2008/09/23 (火) 23:02:28 - nanashi
レポータージーンアッセイをはじめようと思っています。
レポータージーンAの発現における転写因子B(過剰発現させます)の作用を見ようと思っています。
色々論文を読んでいると、一般的なレポータージーンで使用するプラスミドの比率がまちまちな印象を受けました。
例えば、
レポータージーン:過剰発現プラスミド=1:1〜10
で行っているものもあれば、逆に
レポータージーン:過剰発現プラスミド=1〜10:1
で行っているものもありました。
個人的には、レポータージーンと一緒に過剰発現プラスミドが必ず入っていないといけないと思うので、
レポータージーン:過剰発現プラスミド=1:5〜10
でやった方がいいようなイメージがあります。
レポータージーンアッセイの際のプラスミドの比率は、皆さんはどうやってますでしょうか?
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感謝
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No.2001-5 - 2008/09/25 (木) 16:38:14 - nanashi
皆様、御返事ありがとうございます。プラスミドの比率は単純なものと考えていましたが、なかなか奥が深いことがわかりました。用いるレポーターによって調節しなければならないということがわかりました。一度、比率を振ってやってみようと思います。
本当にありがとうございました。
比率に関して
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No.2001-4 - 2008/09/25 (木) 10:54:27 - mugimaki
レポーターアッセイをしております.
比率に関してですが,
レポーターベクターと過剰発現のベクターによると思います,
そば様がすでに述べられているように私は
レポーターベクターをどこかで固定して過剰発現のベクターの量を振っています.
レポーターベクターが,ゲノムから作製されたプロモーターである場合は,
概して発現ベクターをたくさん入れないとうまくみられないです.
逆に,レポーターベクターが,結合配列などをタンデムにつないだものでは
(ものすごく反応するので)発現ベクターの量を少なくしないと,
うまく見られませんでした.
入れる細胞の遺伝的背景ももちろん影響してきます.
お金との兼ね合いにもなりますが,色々試してみるのがいいのかなと
思っています.
転写因子ということを示すためにレポーターアッセイを使うのであれば,
あまり検討しなくても出来ますが,優性阻害変異や,他の転写因子との
相互作用を検討する場合には,比率はは検討した方があとあと楽でした.
参考になれば,
(無題)
削除/引用
No.2001-3 - 2008/09/25 (木) 01:41:37 - そば
試薬の節約等で、プラスミド比率一点張りでやる場合は1:10でやると思います。
ただ、実際にやるときは、レポーターAの量を一定にしておき、過剰発現ベクターBの量を振る実験を行うと思います(ベクター総量はmockで合わせる)。
うまく行けば、過剰発現ベクターの濃度依存的なレポーター遺伝子の発現が観察されますし(データとして使える可能性大!)、そこまで綺麗に行かなくても至適なプラスミド比率が得られるはずだと思いますので。
比率を振る範囲は、実験の成功率とかかる費用のバランスで考えます。
(無題)
削除/引用
No.2001-2 - 2008/09/23 (火) 23:45:02 -
おお
>[Re:1] nanashiさんは書きました :
> 個人的には、レポータージーンと一緒に過剰発現プラスミドが必ず入っていないといけないと思うので、
> レポータージーン:過剰発現プラスミド=1:5〜10
> でやった方がいいようなイメージがあります。
I agree with it, and I used to do such way.
I do not have such experiments these days, though.
Just a quick note, for now.
レポータージーンアッセイのプラスミドの比率について
削除/引用
No.2001-1 - 2008/09/23 (火) 23:02:28 - nanashi
レポータージーンアッセイをはじめようと思っています。
レポータージーンAの発現における転写因子B(過剰発現させます)の作用を見ようと思っています。
色々論文を読んでいると、一般的なレポータージーンで使用するプラスミドの比率がまちまちな印象を受けました。
例えば、
レポータージーン:過剰発現プラスミド=1:1〜10
で行っているものもあれば、逆に
レポータージーン:過剰発現プラスミド=1〜10:1
で行っているものもありました。
個人的には、レポータージーンと一緒に過剰発現プラスミドが必ず入っていないといけないと思うので、
レポータージーン:過剰発現プラスミド=1:5〜10
でやった方がいいようなイメージがあります。
レポータージーンアッセイの際のプラスミドの比率は、皆さんはどうやってますでしょうか?
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