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タンパク質の糖鎖切断 トピック削除
No.20-TOPIC - 2007/08/01 (水) 19:10:09 - よっしー
糖鎖修飾を受けないと活性のない酵素から,
糖鎖を切断したいと考えています.
(糖鎖の解析をするわけではありませんので,
糖鎖自体はどうなってもかまいません.タンパクの方を大事にしたいです.)
糖鎖の根元のAsnをAspに変えたくないので,
endoglycosidaseを使用しようと考えています.
endoglycosidaseHとF1とでは切ることが可能な糖鎖は
同じなのでしょうか?
(どの様な糖鎖が付加されているかなどの情報は一切ありませんので
できるだけ広く切断できる酵素を探しております)
また,切断効率やタンパク自体に対するダメージなどに違いはあるのでしょうか?
そもそもendoglycosidase意外によい選択肢はありますでしょうか?
何かアドバイスをいただけませんでしょうか.
よろしくお願いいたします.
 
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(無題) 削除/引用
No.20-7 - 2007/08/03 (金) 11:37:14 - よっしー
Rさん,さすらいさんどうもありがとうございました.
N結合型糖鎖があることは確かです.
しかし,O結合型糖鎖があるかどうかは分かりません.

大腸菌と酵母とで発現させる準備はしているのですが,
その前に,糖鎖を切って活性の違いを確認しておこうと,
ご相談しました.阻害剤でもいいかもしれませんね.
検討したいと思います.

う〜んとさん
PNGaseFではなくendoglycosidaseHかF1を使おうと思っている.
という意味でした.言葉が曖昧で申し訳ありません.

(無題) 削除/引用
No.20-6 - 2007/08/03 (金) 10:55:01 - う〜んと
>糖鎖の根元のAsnをAspに変えたくないので,
>endoglycosidaseを使用しようと考えています.

PNGaseFを使うとAsnがAspになると思いますが?

(無題) 削除/引用
No.20-5 - 2007/08/03 (金) 10:44:33 - さすらい
http://www.kenkyuu.net/cgi-biotech/biotechforum.cgi?mode=view;Code=1805

ここに阻害剤について書かれています。これで糖鎖あり・なしで比較してもよいかと。

大腸菌なんかで発現するのもありでは?

(無題) 削除/引用
No.20-4 - 2007/08/03 (金) 09:58:12 - R
失礼しました。
ではここ。

http://roche-biochem.jp/biochemica/bionews_files/no_73/73-12.htm

endoglycosidase Fに関してはあまり詳しく出ていないので、メーカーに問い合わせてはいかがでしょうか。

たとえ切断できる型の糖鎖であっても、立体障害により未変性条件下ではほとんど、あるいは全く切断できないこともありますのでご注意ください。

ちなみにN結合型糖鎖であるというのは確実なんですか?

アルカリによる切断も試したことがありますが、タンパクもずたずたになってしまいました。化学的な方法はどうも加減が難しいという印象があります。
どなたかいいプロトコルをご存知なら私も知りたいところです。

(無題) 削除/引用
No.20-3 - 2007/08/03 (金) 09:17:45 - よっしー
Rさんどうもありがとうございました.
そのファイルは目を通していました.
その上で,分からなかった事をお尋ねしました.
やったことがないので,どうもイメージがわかなくて苦労しております.

(無題) 削除/引用
No.20-2 - 2007/08/02 (木) 21:09:18 - R
ここに色々出てますよ。

http://www.sigma-aldrich.co.jp/sigma/Protein/glyco/manual/pdf/23_37.pdf

タンパク質の糖鎖切断 削除/引用
No.20-1 - 2007/08/01 (水) 19:10:09 - よっしー
糖鎖修飾を受けないと活性のない酵素から,
糖鎖を切断したいと考えています.
(糖鎖の解析をするわけではありませんので,
糖鎖自体はどうなってもかまいません.タンパクの方を大事にしたいです.)
糖鎖の根元のAsnをAspに変えたくないので,
endoglycosidaseを使用しようと考えています.
endoglycosidaseHとF1とでは切ることが可能な糖鎖は
同じなのでしょうか?
(どの様な糖鎖が付加されているかなどの情報は一切ありませんので
できるだけ広く切断できる酵素を探しております)
また,切断効率やタンパク自体に対するダメージなどに違いはあるのでしょうか?
そもそもendoglycosidase意外によい選択肢はありますでしょうか?
何かアドバイスをいただけませんでしょうか.
よろしくお願いいたします.

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