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塩化リチウムについて トピック削除
No.1997-TOPIC - 2008/09/22 (月) 22:24:47 - しんし しんしん
CTAB法で植物からRNAを抽出するプロトコールで、CTAB抽出液で検体を処理後、クロロホルムを加え、遠心し、上層の水層をとり、それに10M 塩化リチウムを1/4量入れて、-20℃に2時間以上おき、その後遠心してRNAを回収するというのがあります。RNAはとれるのですが、塩化リチウムを入れると、多糖類やDNAよりRNAが沈殿しやすいらしいのですが、なぜなのかよく分かりません。
塩化リチウム濃度に対する溶解度の特性が、RNAだけ特殊なのでしょうか?
 
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No.1997-3 - 2008/09/23 (火) 21:46:17 - おお
原理ですか、、、うまく説明できるかは置いておいて、Liイオンの特性は、高濃度でカオトロピックな作用があります。界面活性剤ににた作用です。多分それでたんぱく質が沈殿しにくいのでしょう。後は溶液のイオン強度が同じアルカリ金属のなかで最大(Li>K>Na)です。そういう状況でDNAの燐酸の電荷は中和さ、電荷を失った核酸は沈殿する傾向にあると思いますが、OH基の数でその水溶性が変わるのでしょうね。
思いつくことを書いてみました。

(無題) 削除/引用
No.1997-2 - 2008/09/23 (火) 14:14:17 - Pumpkin
実は私もLiClを多用しますが、原理については調べられていません。というか、よく分かっていないのではと思っていますが、ご存知の方がいれば教えて頂きたいです。

分かっていることはトピ主さんの仰るとおり、LiClは蛋白や多糖、DNAの沈殿化には効果的でないということです。ですので、gと遠心時間を長く取るとDNAもある程度落ちてきますし、冷却しながら遠心分離するとRNAペレットの上に重層するように多糖がゲル化したものが沈殿しているのを確認できます。また低分子RNAの効率も非常に低いです。よって、ラベル化するときのフリーを除去するときにも使われます。アルコール沈殿で、RNAと共沈殿するような低分子色素の除去にも有効ですね。ただし、よく70%エタノールで洗浄してあげないと、下流の酵素反応に影響するので注意が必要です。

塩化リチウムについて 削除/引用
No.1997-1 - 2008/09/22 (月) 22:24:47 - しんし しんしん
CTAB法で植物からRNAを抽出するプロトコールで、CTAB抽出液で検体を処理後、クロロホルムを加え、遠心し、上層の水層をとり、それに10M 塩化リチウムを1/4量入れて、-20℃に2時間以上おき、その後遠心してRNAを回収するというのがあります。RNAはとれるのですが、塩化リチウムを入れると、多糖類やDNAよりRNAが沈殿しやすいらしいのですが、なぜなのかよく分かりません。
塩化リチウム濃度に対する溶解度の特性が、RNAだけ特殊なのでしょうか?

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