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(無題) 削除/引用 No.1978-4 - 2008/09/19 (金) 14:28:40 - カナマイシン >貧者様 Dot plot いいですね！　http://www.vivo.colostate.edu/molkit/dnadot/ DNA-1 として対象とする配列を、 DNA-2 として対象配列のReverse Copmlement 配列を入力し、 対角線上（y=xの線上）のプロットの位置をチェックするとInverted repeat にたどり着きます。 ギャップが多すぎると大変で、パラメータの値がキモになりますが。 こんな使い方思いつきませんでした。目からウロコです。感謝です。 >AP様 実は持ってないんですよね…DNAsisもGenetyxも。昔は使ってたんですが。 最近はフリーウェアで大概のことができてしまうので、フリーに頼っております。 古い共通PCとか探したら入ってるのかな？　とにかくご助言ありがとうございました。 他にもこれぞというご意見があればお待ちしております。

(無題) 削除/引用 No.1978-3 - 2008/09/18 (木) 15:24:12 - AP GenetyxとかDNAsisなどのソフトウェアはお使いではないですか？ その手の機能がついていると思いますが。 GenetyxならHairpinとかPalindromeのツールがそうで、パラメータを変えればパーフェクトマッチでなかったり、ギャップがある反復配列もピックアップできると思います。

(無題) 削除/引用 No.1978-2 - 2008/09/18 (木) 14:16:05 - 貧者 ローテクだけどDotPlotしてみるとか。 http://www.insilicobiology.jp/pukiwiki/index.php?DotPlot

Inverted repeat 配列を検索するウェブサイト／フリーウェア 削除/引用 No.1978-1 - 2008/09/18 (木) 13:46:51 - カナマイシン 当方、原核生物のレギュレーターを扱っております。 原核生物のレギュレーターは、反復した逆側繰り返し配列、 いわゆる Inverted repeat 配列を結合サイトとする場合が非常に多いです。 さて、たとえば 1 kbのDNA配列を入力したときに、 Inverted repeat 配列の候補を抽出してくれるような ウェブサイトやフリーウェアをご存じないでしょうか？ 目視で探すのは（特に不完全な反復繰り返しの場合）相当に困難であります。 過去には苦肉の策として RNAfold （http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAfold.cgi）を用いて mRNAのヘアピンループを探し、これを反復繰り返し配列と見なしていたこともあったのですが、 これもまた困難です。 どなたか有効な手段をご存じの方、ご教示いただければ幸いです。 （以下参考。 　Inverted repeat といっても多様で、 　たとえばTetR（テトラサイクリン耐性遺伝子制御因子）ファミリーに属するものには 　　　5'-cTTATAgAccgATc-gATcggTcTATAAg-3' 　と、完全な14 bpの反復繰り返し配列を認識するものがある一方で、 　MerR（水銀耐性遺伝子制御因子）ファミリーに属するものには 　　　5'-AcccT-A-TAg-Tgg-cTA-g-AcccT-3' 　といった形で不完全な反復繰り返し配列を認識するものもあったりします。）

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