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グラム陰性細菌の変異体作出について トピック削除
No.1977-TOPIC - 2008/09/18 (木) 12:41:47 - マり
 方法;グラム陰性細菌からPCRにより目的のDNA(3kb)断片を増幅し、自殺ベクター(3.7kb)に組み込み、さらに目的DNA中に抗生物質耐性DNA断片(2kb)を組み込みます。このプラスミドをトリペアにでグラム陰性細菌に入れ、相同組み替えにより目的遺伝子を破壊します。
 この目的DNA断片をPCR(Ex taq)で増幅したのですが、Ex taqは正確性に劣るということなので、相同組み換えが起こらない可能性があるのでしょうか。
 また、mutationがどのくらいあると相同組み換えが起こらなくなるのでしょうか。
 どうぞよろしくお願いします。
 
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解決 解決済み 削除/引用
No.1977-4 - 2008/09/19 (金) 15:58:27 - マり

(無題) 解決済み 削除/引用
No.1977-3 - 2008/09/19 (金) 13:02:14 - マり
夜光虫さま、ありがとうございます。参考になりました。そうですね検討すべき点を考えます。

(無題) 削除/引用
No.1977-2 - 2008/09/19 (金) 00:34:18 - 夜光虫
Extaqが校正機能がないといっても、1kbに1塩基の変異も入らないと思います。相同組み換えをするときに1,2塩基の変異が入っても、そこまで影響はないと思います。それよりも相同領域が短すぎたり、インサートの大きさが大きすぎたり、菌によっては相同組替えしにくい菌もいるようですので、そちらに目を向けてみてはどうでしょうか?

グラム陰性細菌の変異体作出について 削除/引用
No.1977-1 - 2008/09/18 (木) 12:41:47 - マり
 方法;グラム陰性細菌からPCRにより目的のDNA(3kb)断片を増幅し、自殺ベクター(3.7kb)に組み込み、さらに目的DNA中に抗生物質耐性DNA断片(2kb)を組み込みます。このプラスミドをトリペアにでグラム陰性細菌に入れ、相同組み替えにより目的遺伝子を破壊します。
 この目的DNA断片をPCR(Ex taq)で増幅したのですが、Ex taqは正確性に劣るということなので、相同組み換えが起こらない可能性があるのでしょうか。
 また、mutationがどのくらいあると相同組み換えが起こらなくなるのでしょうか。
 どうぞよろしくお願いします。

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