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(無題) 削除/引用 No.1970-6 - 2008/09/18 (木) 02:07:49 - おお >[Re:5] ヒストンさんは書きました : > これは異なる領域ごとでくらべてそうですよ。 > http://www.nature.com/ng/journal/v40/n6/abs/ng.159.html そうなんですよね。いろいろな細胞を見て比較するには、あるものは低い、あるものは高いと動きがある分には説得力が出ると思うのですが、ある一つの細胞を取ってきて異なる領域を示しただけでどの程度説得力があるかと思うわけです、、、 ただ示された論文を精読すると、方法論的にどうすると良いか分かるかもしれませんね。

(無題) 削除/引用 No.1970-5 - 2008/09/18 (木) 00:37:04 - ヒストン これは異なる領域ごとでくらべてそうですよ。 http://www.nature.com/ng/journal/v40/n6/abs/ng.159.html

(無題) 削除/引用 No.1970-4 - 2008/09/17 (水) 14:24:05 - おお >[Re:3] AAさんは書きました : > そうなんですよね。 > 同じ領域を、比較するのは多々ありふれたものなんですけど、異なる領域（同じ遺伝子でもいいんですが）を比較しているものがなくて・・・ > > 原理的には可能だと思うのですが・・・ いや、原理的に難しと思うのですが、、、 CHIPアッセイは難しい部類に入ると思うので、、、、 アセチル化ヒストンでIPしても、各領域の回収率とか、見えないですよね。100%アセチル化していてIPでその60%が回収できてとか割り出せないですから、、それで違う遺伝子でも同様な効率で回収できるという保障もないわけですから、、、さらにPCRがかむわけですから、一方が強いシグナルが出ているからといって、そっちがアセチル化がよくされているといえるかどうか、、、つまり(半)定量的に見るにしてもその尺度をつくるスタンダードも取れないのではないかということろが難しく感じているところです。で一方がシグナルがないとしても、そこの領域をCHIPでアッセイするのが難しいだけじゃないかといわれると、単独のデーターでは説得力にかけると思ったりもします。 アセチル化ヒストンのCHIPでネガに出るとしてそのとき、その領域がのヒストンがアセチル化された場合ポジに出ますよというコントロールも必要になってくるかもしれません。 ちょっと見えないところが多すぎるのではという感じがします。 この辺は経験がほとんどないところなので経験豊富な人の意見が聞きたいですね。

(無題) 削除/引用 No.1970-3 - 2008/09/17 (水) 11:47:57 - AA そうなんですよね。 同じ領域を、比較するのは多々ありふれたものなんですけど、異なる領域（同じ遺伝子でもいいんですが）を比較しているものがなくて・・・ 原理的には可能だと思うのですが・・・

(無題) 削除/引用 No.1970-2 - 2008/09/17 (水) 11:34:32 - おお 難しいと思うなぁ、、、 細かいことはこの手の実験の経験者のコメントを待ちましょう。 ん、でも同じ遺伝子やプロモーター内でのあるたんぱく質でIPしたCHIPによる比較はありますよね。

ヒストンアセチル化状態の遺伝子ごとの比較 削除/引用 No.1970-1 - 2008/09/17 (水) 11:01:35 - AA ある二つの遺伝子のヒストンアセチル化の状態の比較を行いたいと思っております。 方法としましては、ＣｈＩＰ assayをおこない、IP/INPUTの比で比較したいと思っております。 原理てきにはこれで可能だと思うのですが、なかなかこういうことを行った論文が見当たりません。 よく、同じpromote領域のアセチル化が刺激を加えたら変化するなど同じ領域で比較しているのはたくさんありますが、異なる領域を比較しているものがみあたりません。 もし、そういった論文をお知りのかたがおられましたら、教えてください！！

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