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(無題) 削除/引用 No.1963-3 - 2008/09/21 (日) 13:53:45 - AP >Z-DNA（左巻きらせん）を形成しうるので 単純にプローブが左向きらせんになりやすいので、生体内の右向きらせんのターゲットにハイブリしにくくなるということかも。

(無題) 削除/引用 No.1963-2 - 2008/09/21 (日) 10:41:20 - AP 古くから現在に至るまで、oligo DNA probeでISHするには、ユニークな配列のoligo DNAに3' tailingでDIG labelするというのが常法となっていて、基本的には、それだけでworkするはずです。Rocheのハンドブックでも、それ以上、特別な留意点は指摘されていないように見えますので、まずはあまり難しく考えずに、Rocheのプロトコールに従ってやってみてはいかがでしょう。 >4. プリン塩基とピリミジン塩基が交互に配列する箇所は避ける 「purine-pyrimidine altarnating repeat (streach)」はtriplex (三重鎖）構造をとると言われているらしくて、purine-pyrimidine二重鎖をなす核酸にプローブが非特異的にtriplex形成してハイブリするのを避けるためではないでしょうか。DNAで言えばpurine-pyrimidine altarnating repeatはZ-DNA（左巻きらせん）を形成しうるので、間隔の広がったgrooveに3本目の鎖がはまりこむのでしょうかね？　 あとは、例えばガン組織のようなゲノムの不安定な材料だと、repeatの長さが変わっていたりする可能性があるからでしょうか？ 詳しくは上記「」内の言葉で文献検索してみてください。 >5. コドンの縮重が多いアミノ酸（ロイシン、イソロイシンなど）を極力避ける 異種の未知遺伝子をハイブリでスクリーニングするときにはよく言われることだと思いますが、同種の配列のプローブでISHするときは重要でないと思います。これも臨床系の話で、純系の実験生物を使うときと違って、塩基多型がある可能性を考慮しているのかもしれません。 >9. ５‘端にTTATTATTAを、３’端にATTATTATTを付加して設計する まったく意義が想像できません。必須のことではないと思います。

オリゴDNAプローブの設計 削除/引用 No.1963-1 - 2008/09/16 (火) 01:56:14 - iHS in situ hybridizationのためプローブの設計をしようと思っています。文献などによると、以下の点を考慮して設計するように記されているのですが、9番にある５’末端にTTATTATTAを、３’末端にATTATTATTを付加する意義は何なのかよく分かりません。 あと４番、５番の意義についてもご教示いただけたら幸いです。 よろしくお願いします。 1. 通常２５〜４５mer程度のプローブを使用 2. GC含量は通常６５％程度で極端に高い（７０％以上）ものは避ける 3. 同じ塩基が多数（とくにGが数個以上）並ぶ箇所は避ける 4. プリン塩基とピリミジン塩基が交互に配列する箇所は避ける 5. コドンの縮重が多いアミノ酸（ロイシン、イソロイシンなど）を極力避ける 6. 分子内あるいは分子間で二本鎖を形成するパリンドローム配列は避ける 7. 非翻訳領域は避け、翻訳領域（できればアミノ末端側）から選択する。非翻訳領域はしばしばmRNAの発現調節や安定性などの関与しており、翻訳領域の立体構造や調節タンパクによってマスクされている可能性があるためである。 8. T-Tダイマー法の場合、Tが連続している箇所はダイマー化しミスマッチとなるので避ける 9. ５‘端にTTATTATTAを、３’端にATTATTATTを付加して設計する

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