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エタノールのDNAへの混入 トピック削除
No.1962-TOPIC - 2008/09/15 (月) 20:16:48 - たか
かなりのlarge scaleでDNAを調整したのですが、
エタ沈の際にDNAを完全に干上がるまで乾燥させなかったので、(1時間は乾燥させましたが。。。)
微量のエタノールが混入している気がしてきました。

vivoでの使用を考えていますので、
混入しているのかを判断したいのですが、何か測定法はありますでしょうか。

ついでですが、large scaleのため、沈殿が大きくwashでNaOAcが混入している疑いも出てきてしまいました。

詳細は省きますが、再度エタ沈をするにはかなりの手間がかかる状態ですので、何かいい測定法をアドバイスしていただけないでしょうか。

お願いいたします。
 
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(無題) 削除/引用
No.1962-4 - 2008/09/16 (火) 07:05:29 - おお
>[Re:1] たかさんは書きました :

> vivoでの使用を考えていますので、
> 混入しているのかを判断したいのですが、何か測定法はありますでしょうか。

どんな実験か大体でもいいから書けば、適切なアドバイスが受けれるかもしれません。

> 詳細は省きますが、再度エタ沈をするにはかなりの手間がかかる状態ですので、何かいい測定法をアドバイスしていただけないでしょうか。

そんなに手間でしょうか、、、
もし非常に多量でというなら、数回分のDNA量をとってエタチンすればいいかと思いますが、、、
AP様の指摘していますゲル濾過のカラムもいいアイデアだと思います。
あとは薄めてフィルターで濃縮というてもあります。

(無題) 削除/引用
No.1962-3 - 2008/09/16 (火) 00:44:23 - ~
エタ沈し直しよりも手間がかからない測定法ですか…

http://www.cscjp.co.jp/Products_MN_NANO_TT_Ethanol.html
エタノール濃度測定キットを購入して測定すれば、
時間はかかりますが、手間は少ないかもしれません。
問題があるとすれば、そのin vivoでの使用での許容範囲が既知かどうかでしょうか。

一応有機酸の測定キットもありますが、
http://www.cscjp.co.jp/Products_MN_NANO_TT_Organic%20Acid.html
酢酸だけでなく核酸も検出するかは、メーカーに問い合わせなければわからないかもしれません。

明日中に測りたいというのであれば、
グリセロール濃度を減らしたローディングバッファーを用意して、
サンプルに混ぜてウェルにアプライして、浮いてくるグリセロール濃度を調べて、
エタノール濃度を振ったコントロールと比較すれば、
手持ちの材料でできると思います。

(無題) 削除/引用
No.1962-2 - 2008/09/15 (月) 20:36:29 - AP
測定方法は思い浮かびません。
心配なら、適当なバッファで平衡化したG-50とかSephcrylのスピンカラムにかけたらいいと思います。

エタノールのDNAへの混入 削除/引用
No.1962-1 - 2008/09/15 (月) 20:16:48 - たか
かなりのlarge scaleでDNAを調整したのですが、
エタ沈の際にDNAを完全に干上がるまで乾燥させなかったので、(1時間は乾燥させましたが。。。)
微量のエタノールが混入している気がしてきました。

vivoでの使用を考えていますので、
混入しているのかを判断したいのですが、何か測定法はありますでしょうか。

ついでですが、large scaleのため、沈殿が大きくwashでNaOAcが混入している疑いも出てきてしまいました。

詳細は省きますが、再度エタ沈をするにはかなりの手間がかかる状態ですので、何かいい測定法をアドバイスしていただけないでしょうか。

お願いいたします。

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