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何倍でも 削除/引用 No.1958-8 - 2008/09/17 (水) 16:13:57 - fish おおさん、ひちみさんがおっしゃってますが、、 過剰発現かknock downで表現系がでれば、 意味がありますよね。 例えば、ある遺伝子が低酸素状況で2倍に上昇したとします。 学会会場で発表したところ、2倍が何の意味があるのかと指摘されました。 しかしながら、通常分圧でその遺伝子をstableに2倍程度、発現上昇させた時にHIF1aのタンパク量が増加したとします。 　逆に、低酸素誘導時に、その遺伝子発現を半分程度にknock downしたときにはHIF1aのタンパク上昇がキャンセルされた場合があったとします。 このときに、2倍の発現上昇が、HIf1aの蛋白量regulationに、意味があるかどうかは、自明だとおもいます。 つまり、棚からさんもかいておられるように、何倍だから厳しい、あるいは期待できるとかは断言できません。 ひょっとするとその先生は、見たい表現形に対して、その遺伝子の2倍程度の上昇では活性上説明つかないという意味(例えば10倍あがらないと酵素活性が上昇しないなど・・)で、厳しいとおっしゃたのかもしれませんね。

(無題) 削除/引用 No.1958-7 - 2008/09/16 (火) 09:11:39 - おお >[Re:3] 棚からさんは書きました : > 言葉足らずで申し訳ありません。 > > 私は期待していた遺伝子がマイクロアレイ（５倍の差のある遺伝子をピックアップ）で引っかかってこなかったので、realtime RTPCRでみてみたんです。 アレーで５倍で線引きをしてますよね。漠然というと2倍じゃ厳しいからですよね。RT-PCRの方がより正確かもしれませんが、同じことではありませんか? 逆にアレーで２倍でも、興味がある遺伝子ならもっと追及するという人もいますよ。

(無題) 削除/引用 No.1958-6 - 2008/09/15 (月) 22:42:38 - ひちみ 転写後のタンパク量や酵素活性の変化を議論したいのか、転写調節を議論したいのかいろんな状況が考えられませんか？ 自分が疑問に思ってることをちゃんと示せないと、有意義な議論もできませんね。 つまり 遺伝子発現の何に対する影響なのか？ が、ご質問の中には示されていません。 リアルタイムPCRで定量性を改善しても、レファレンス遺伝子しだいで２倍程度の差はひねり出せてしまうので、統計的に有意であっても生物学的に意味があるとは断言できませんね。

(無題) 削除/引用 No.1958-5 - 2008/09/15 (月) 15:56:57 - IRES ご提示されている内容からでは、ある刺激により目的遺伝子の発現誘導がbasalに対して二倍誘導された。ということですよね。それが有意なのかどうなのかは再現性があり、統計学的に有意とされているのですよね。提示された内容から得られる考察はそれ以上でもなく、以下でもないと思います。 何を問題とされているのかいまいち良く分かりませんが、例えばその二倍の変化が生理的に意味のあるものなのかどうかはそういうアッセイを行わないと何もいえないと思いますが?

(無題) 削除/引用 No.1958-4 - 2008/09/15 (月) 15:43:56 - おお >[Re:1] 棚からさんは書きました : > ５０倍、１００倍変わる遺伝子であれば確かに意味はありそうですが、たとえば今回のように２倍とか１．１倍とかであっても影響を否定できないと思うのですが。 > ２倍なら否定できないと思います。でも肯定できるほどクリアーな結果ではありません。だから厳しいと言ったように思えます。１．１倍は堪忍してほしいですね。 そもそも何でマイクロアレーして、それで何が言いたいかという点であなたの実験を理解していませんので、答えるのが難しいです。 もし、その遺伝子の影響を考えているならKDとかして検証していくのがいいかと思います。 3hしか取ってないのは理由がありますか?最初に上がって落ちるものもあると思いますけど3、6、9hで徐々に上がっていくようでしたら何かリスポンスしているというのは言いやすいと思います。あれーでなくても、RTーPCRでこれは検証できますが、、、

(無題) 削除/引用 No.1958-3 - 2008/09/15 (月) 15:36:40 - 棚から 言葉足らずで申し訳ありません。 私は期待していた遺伝子がマイクロアレイ（５倍の差のある遺伝子をピックアップ）で引っかかってこなかったので、realtime RTPCRでみてみたんです。 そうすると期待していたほどではなかったものの、確かに有意に 再現性よく【２倍】に上がっていたんです。 この状況について、厳しい指摘を受けました。

(無題) 削除/引用 No.1958-2 - 2008/09/15 (月) 14:38:16 - ひちみ 2倍しか変化がなかったということが問題なのではなくて、マイクロアレイで観察された2倍の変化が真に生物の現象を捉えているかということだと思います。 リアルタイムPCRなどで検証しないと、マイクロアレイの結果だけで断言するのは厳しいです。 マイクロアレイで10倍とか１００倍とかの変化であれば、検証作業でリジェクトされることも少なくなっていくので、「2倍では厳しい」というコメントになって現れるのだと思います。

遺伝子発現上昇・下降による影響がでるのは何倍から？ 削除/引用 No.1958-1 - 2008/09/15 (月) 14:30:08 - 棚から いつもお世話になっております。 遺伝子発現をマイクロアレイにかける際に閾値などを定めそれ以上（、それ以下）の発現量を持つ遺伝子をpick upすると思います。 現在私が調べている遺伝子はある刺激により３ｈくらいで最高でも２倍に増加します。。。 それで先日発表する機会があり、有意に一過性にその遺伝子は刺激により２倍誘導されました。と発表しました。 すると「２倍って厳しくないかい？笑」と指摘されました。 最大の問題はしの遺伝子に対する抗体がないということです。 だからその遺伝子誘導の影響を論じることは僕もまだ出来ないし、逆にその人も影響ないだろうとも言うこともなかったんじゃないかと思うのですが。 ５０倍、１００倍変わる遺伝子であれば確かに意味はありそうですが、たとえば今回のように２倍とか１．１倍とかであっても影響を否定できないと思うのですが。 みなさんのお考えをお聞きしたいです。宜しくお願いします。

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