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プロモーター解析とTRANSFAC トピック削除
No.1935-TOPIC - 2008/09/11 (木) 10:20:12 - promoter
植物のある遺伝子の機能を調べるために、全長および上流およそ１kbpの配列を得られました。
上流について、プロモーター解析を行うことを検討しているところですが、どういった解析法があるかよくわかりません。ここで、調べさせて頂きました結果、TRANSFACというDBがあるのを知りました。
このDBはどこで入手できるのか、どう使うのか、あるいはほかの解析方法をご存知の方、お教えください！

ちなみに、今使っているのはgenetyxのみです


よろしくお願いします。
　
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(無題) 削除/引用
No.1935-5 - 2008/09/11 (木) 18:51:27 - promoter
linkどうもありがとうございました！

早速使ってみます！！！

(無題) 削除/引用
No.1935-4 - 2008/09/11 (木) 13:42:05 - Pumpkin
TRANSFAC
//www.genome.ad.jp/htbin/www_bfind?transfac

TFSERCH
//www.cbrc.jp/research/db/TFSEARCHJ.html

TFBIND
//tfbind.ims.u-tokyo.ac.jp/

(無題) 削除/引用
No.1935-3 - 2008/09/11 (木) 13:39:30 - Pumpkin
基本的にFASTA形式やtext形式の塩基配列を放り込んで、実行すれば予想できるDBDを探してくれます。あとはパラメーターをいじって少しは最適化してあげればよいと思います。ホモログがある場合や類似するようなプロモーター配列がわかっている（ともにそのDBDが重要な活性をもっていることがわかっている）ものとアライメントするとより有意義な「推定」ができると思います。

プロモーター解析とTRANSFAC 削除/引用
No.1935-1 - 2008/09/11 (木) 10:20:12 - promoter
植物のある遺伝子の機能を調べるために、全長および上流およそ１kbpの配列を得られました。
上流について、プロモーター解析を行うことを検討しているところですが、どういった解析法があるかよくわかりません。ここで、調べさせて頂きました結果、TRANSFACというDBがあるのを知りました。
このDBはどこで入手できるのか、どう使うのか、あるいはほかの解析方法をご存知の方、お教えください！

ちなみに、今使っているのはgenetyxのみです


よろしくお願いします。
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