>今回、反応はDouble Digestionで行っています。次回からKpnIでクローニングするときには1段階ずつ消化したほうがいいのですね。了解いたしました。
蛇足ですが、同じバッファで同時消化できる酵素の組み合わせでも、あえてsingle digestして、電気泳動で完全消化を確認してから、二番目の消化をすると、どちらか一方しか切れていないという可能性を大幅に減らすことができます。また、認識配列が隣り合った酵素だと、どちらを先にするかで切れたり切れなかったりする場合があります(TAKARA, NEBなどに資料があったはず)。
>ちょうどTAKARAのKpnIがなくなるところなので、Acc65Iの購入を検討しているのですが、うちのラボでは酵素は全てTAKARAでそろえていて、Double Digestionの時のバッファー早見表が便利だなと思っています。
至適バッファの異なる酵素を、compromiseするというバッファで同時に切るのはあくまでも次善策であって、たとえメーカのガイドに従っても、不完全消化やスター活性のリスクは高いということを忘れないでください。
各社の二重消化のテーブルは100%保証されているものではないと考えていいです。だって、各酵素について「これがベストの選択です」というバッファがあるのに、それとはずれたバッファで切るというのだから悪影響が全くないわけないでしょう。
切れのこりがあろうと、スター活性で壊れるものがあろうと、簡単なサブクローニングくらいなら効率が下がっても目的のものはとれるかもしれません。
しかし、今度のような難しいクローニングの場合はするべきではないです。
まして、単独で消化するのもトラブりがちで、塩濃度が両極端のSalIとKpnIだったら、私なら絶対にやらないです。
>Acc65I(NEB Buffer3)の場合、TAKARAのBufferの兼ね合いは、Buffer Hぐらいに相当すると見なしてよいのでしょうか。そのあたりが確信が持てないのでちょっと購入を躊躇しているのですが…。
組成は各社カタログなどで公開していて、基本的にuniversal buffer systembuffer(L, M, H, K, T)準拠のはずで、対応するバッファどうしで交換可能です。違う見解の方もいらっしゃるようですが。
http://www.kenkyuu.net/cgi-biotech2/biotechforum.cgi?mode=view;start=1;Code=1140
Acc65IはSphIとちがって5' protrudingであることと、dcm methylation感受性であることに注意してください。 |
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