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タンパク質発現量の統計処理について
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No.1908-TOPIC - 2008/09/07 (日) 05:33:17 -
統計初心者
いつもお世話になっています。
場違いな質問かも知れませんが宜しくお願いします。
最近、ある反応系に関与するタンパク質の発現量を数時間毎に測定したデータを得たのですが、このデータからどのように統計処理しようか迷っています。
先輩には発現量が似通ったもの同士をクラスター解析で分類したらといわれたのですが、それをすることでどんな意義があるのか疑問です。また因子
分析は可能でしょうか。
なにかアドバイスがあれば宜しくお願いします。
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No.1908-4 - 2008/09/07 (日) 08:05:31 -
おお
統計処理ですか、、、、単に時間と発現量でプロットすればいいという次元の話、、、とも思えるのですが。その後は実験で何を見るのかで処理の仕方は変わってきます。何か理論的な式がすでにあるなら、それにあてはめる形で、そう関せいやパラメーターを求めたりその誤差を見てみることはできると思います。
もう少しその結果何をいうのか整理してみてはどうでしょうか。
実験の条件について補足します
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No.1908-3 - 2008/09/07 (日) 06:43:58 -
統計初心者
即返信ありがとうございます。
実験の条件について補足します。
まず、ある微生物において、ある代謝経路を担う酵素タンパク質をコードする遺伝子をGFPにてラベル化したプラスミドを作製しました。それを導入し、ステイショナリー状態までの数時間ごとのタンパク質の蛍光強度を測定したのですが、それを酵素タンパク質の発現量としました。この要領で何種類かの代謝経路に関与するタンパク質を見てみました。なお、代謝物の変動などは考慮していません。
このデータをどのような方向性で統計処理するかについて悩んでいます。
(無題)
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No.1908-2 - 2008/09/07 (日) 05:50:32 -
K
ご質問の内容、ちょっと漠然としすぎています。
差し支えのない範囲で具体的に書いていただけると、
回答される方が増えるかと思いますよ。
たとえば発現量の差とは2D−ゲルのディファレンシャルディスプレイ(イメージアナリシス)で得たものなのか、プロテインアレイで得たものなのか、など。そのデータによって統計解析の仕方は変わるのではないでしょうか。クラスターというところから、アレイかなとは思ったのですが。
タンパク質発現量の統計処理について
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No.1908-1 - 2008/09/07 (日) 05:33:17 -
統計初心者
いつもお世話になっています。
場違いな質問かも知れませんが宜しくお願いします。
最近、ある反応系に関与するタンパク質の発現量を数時間毎に測定したデータを得たのですが、このデータからどのように統計処理しようか迷っています。
先輩には発現量が似通ったもの同士をクラスター解析で分類したらといわれたのですが、それをすることでどんな意義があるのか疑問です。また因子
分析は可能でしょうか。
なにかアドバイスがあれば宜しくお願いします。
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