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(無題) 削除/引用 No.1906-10 - 2008/09/09 (火) 17:02:58 - AP 手持ちのゲノムやcDNAシークエンスの実データからコンセンサスを導き出そうという感じでしょうか。そういう仕事は数多くおあるので、いろいろな生物種の文献をあさってみるといいのではないでしょうか。 たとえば、20年くらい前の論文ですが、当時読んでいたものを紹介すると、 http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?rendertype=abstract&artid=334133 http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pubmed&pubmedid=2410858 一番目の論文では、ハエゲノムからとった200あまりのintronのシークエンスからコンセンサスなどのcharacterizationをしています。 RTIDE, CONSENSUS, PATSERとかいう3種類のプログラムを使っています。最近の研究を調べれば、もっと新しいプログラムもあるんでしょう。 その程度の解析でよければ、既存のプログラムや方法論の適用でいけるんじゃないでしょうか。

(無題) 削除/引用 No.1906-9 - 2008/09/09 (火) 01:45:39 - ひろ ご返信ありがとうございます。 生物種によって規則性が一部異なっていたら面白いなあと思っています。 遺伝子領域の予測は既存のソフトでできますが、 その前段階の部分の話です。

(無題) 削除/引用 No.1906-8 - 2008/09/08 (月) 16:07:32 - おお あ、予測というより特徴をまとめるということですね。それならやり方があると思います。エクソン-イントロンのジャンクションと、ブランチサイト前後の配列をあつめて、何番目にどんな塩基が来る傾向にあるのかという調査をすれば良いかと思います。モデル動物ではこの辺はすでにキャラクタライズがあるので、比較が可能と思われます。あとはU1sNRNP、U2snRNPの配列のじょうほうがあった方がいいかもしれません。

(無題) 削除/引用 No.1906-7 - 2008/09/08 (月) 15:59:32 - おお WEB上で予測できるものなど知っていたんですが、あえてあまり書きませんでした。ヒトなど哺乳類、線虫、はへ、あと多分イーストなどはWEB上でできるみたいです。 高等な生物(動物)になるほどコンセンサスがあやふやになり、その分予測に学習が大きなウエイトを占めているといえます。それぞれの提供されてるもので予測してみてESTからの情報とどの程度あっているか見ていくといいかもしれません。

(無題) 削除/引用 No.1906-6 - 2008/09/08 (月) 14:37:53 - AP たとえば、"Genefinder"で検索すると、exonの予測やsplicingの予測をするウェブサイトがいくつも見つかると思います。 FGENEHとかGenieとかいうプログラムを提供しているところが多いようです。 Generalized Hidden Markov Model (GHMM) （？？）というのを利用しているようです。 そのプログラムを扱った論文もあるので、ソースコードも手に入ると思いますが、ウェブ上でできる範囲であればそのほうが楽でしょう。 実際の転写産物のデータとかタンパク質ホモロジーのデータなどを学習させることで、その生物に特化した精度の高い予測ができるようですが、それがなくても結構、正しく予測できるみたいです。 Drosophila genome projectのページによいサマリーがあったのであげておきます。 http://www.fruitfly.org/seq_tools/genieHelp.html

(無題) 削除/引用 No.1906-5 - 2008/09/08 (月) 12:41:54 - ひろ かまきりではないのですが、 旧口動物の一種で、 近縁種どころか、同じ動物門でもゲノム解析は行われていません。 とりあえず自分でソフトを開発したりするのは無理なので、既存のソフトを使いたいのですが、無理ですよね。。。。

(無題) 削除/引用 No.1906-4 - 2008/09/07 (日) 12:56:23 - ami カマキリかなぁ・・・

(無題) 削除/引用 No.1906-3 - 2008/09/07 (日) 10:08:53 - おお あ、生物種とか差支えがあるとお思いでしたら、公表しなくてもいいですので、念のため。

(無題) 削除/引用 No.1906-2 - 2008/09/07 (日) 04:59:14 - おお たしか理研の人がヒトかマウスでまあまあ昔にやっていたのを見たことがあります。その辺のやり方でてもとにあるデーターからマトリクスを作り直せばいいかと思いますが、コンピューター屋ではありませんので詳しいことは分かりません。 プラナリアとかでしょうか、、、それだと線虫に近いか、、、でもプラナリアESTは随分前からありますからきっともっと違った生物なんだろうなぁ、、、

exon intronの領域予測 削除/引用 No.1906-1 - 2008/09/06 (土) 21:31:39 - ひろ あるゲノム解読の行われていない生物種を研究しています。 ESTを大量に行っていて、また一部ゲノムを解読したのですが、 この生物種における、exon-intronの境界領域の規則性を見出して論文にできたらと思っているのですが、 こんなことを簡単にできるソフト等はあるのでしょうか。 ちなみにかなり変わった生物種です。近縁種にもゲノム解読の終わったものはいません。

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