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少量サンプルからのリアルタイムPCR トピック削除
No.1894-TOPIC - 2008/09/04 (木) 20:58:04 - hk
 初めて投稿させていただきます。よろしくおねがいします。
 10^2〜10^3個程度の細胞(培養細胞ではなく生体からの採取・犬)を材料に、10〜20個程度の遺伝子についてリアルタイムPCRを検討しております。
 より多くのサンプルからの系についてはすでに確立しており(カラムによるRNAの分離精製キット使用後、逆転写、SYBR)、それを流用したいと考えておりますが、この程度の材料で同様の方法で行うと、RNA分離の段階で吸光光度計などでRNA量を測定できる程度にはRNAが得られず、またCt値が高くなり、定量性に問題が出てきます。
 そこで、細胞から直接?逆転写したり、cDNAをPCRで一度増幅してからリアルタイムにかけるというような、cells-to-Ctのようなキットを検討しているのですが、使用経験のある方、製品に関してコメントいただけないでしょうか。またcDNAの増幅をキットを使わずにやっておられる方もいらっしゃいましたら、それについてもコメントいただけないでしょうか。
 いくつかみてみたところ、使用できる細胞株が限定されていたり(今回の材料は細胞株ではありません)、プライマーに制限があったり(できればすでに手元にあるプライマーを使用したい)、cDNAの均一な増幅が本当にされているのかわからなかったり、値段が高かったりと、なかなか理想のものがありません。どこかで妥協は必要かと思いますが、その前に経験豊かな研究者の方々にお話を伺えればと思ったのですが。
 
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(無題) 削除/引用
No.1894-5 - 2008/09/10 (水) 09:01:48 - hk
タカラのcell ampは確かに検討中です。
ただプライマーを3’から1kb以内に設計・・・というところがちょっと気になっているのと、やはりバイアスのない増幅が期待できるのかというのも気になっております。
実際に使用されているのでしたら、感想などお聞かせ願えないでしょうか。

(無題) 削除/引用
No.1894-4 - 2008/09/09 (火) 23:40:54 - ラムネ
最近出たものだと宝バイオのCell Ampがいいですよ。価格も手頃ですし。

(無題) 削除/引用
No.1894-3 - 2008/09/08 (月) 19:12:57 - hk

 検討してみたいと思います。
 発現解析に供するのに、増幅の段階でのバイアスはかからないでしょうか。
 その点が明記していないようなので、心配なのですが・・・
 もちろん多量サンプルの検体と比較して予備実験はするつもりなのですが。

(無題) 削除/引用
No.1894-2 - 2008/09/06 (土) 21:27:20 - K
invitrogen のcellsdirect cdna synthesis kitお勧めです。

少量サンプルからのリアルタイムPCR 削除/引用
No.1894-1 - 2008/09/04 (木) 20:58:04 - hk
 初めて投稿させていただきます。よろしくおねがいします。
 10^2〜10^3個程度の細胞(培養細胞ではなく生体からの採取・犬)を材料に、10〜20個程度の遺伝子についてリアルタイムPCRを検討しております。
 より多くのサンプルからの系についてはすでに確立しており(カラムによるRNAの分離精製キット使用後、逆転写、SYBR)、それを流用したいと考えておりますが、この程度の材料で同様の方法で行うと、RNA分離の段階で吸光光度計などでRNA量を測定できる程度にはRNAが得られず、またCt値が高くなり、定量性に問題が出てきます。
 そこで、細胞から直接?逆転写したり、cDNAをPCRで一度増幅してからリアルタイムにかけるというような、cells-to-Ctのようなキットを検討しているのですが、使用経験のある方、製品に関してコメントいただけないでしょうか。またcDNAの増幅をキットを使わずにやっておられる方もいらっしゃいましたら、それについてもコメントいただけないでしょうか。
 いくつかみてみたところ、使用できる細胞株が限定されていたり(今回の材料は細胞株ではありません)、プライマーに制限があったり(できればすでに手元にあるプライマーを使用したい)、cDNAの均一な増幅が本当にされているのかわからなかったり、値段が高かったりと、なかなか理想のものがありません。どこかで妥協は必要かと思いますが、その前に経験豊かな研究者の方々にお話を伺えればと思ったのですが。

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