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real−time PCR用プライマーの使い方 トピック削除
No.1870-TOPIC - 2008/09/02 (火) 13:22:05 - ぴーしーあーる
いつもおせわになっております。
realtime PCRとアガロースゲル・エチブロ染色のRT-PCR両方をしようと思っているのですが、Taqmanのrealtime用プライマー(アプライドバイオシステム)を購入し、そのプライマーを用いてゲルで泳動してもうまく使用できるものでしょうか。可能ならプライマーを1つ注文して行いたいので教えてください
 
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(無題) 削除/引用
No.1870-6 - 2008/09/04 (木) 00:52:28 - そば
トピ主の聞きたい事は
「ABIのTaqMan assay kitで電気泳動による解析も出来ますか?」
ということですよね?

私も経験が少ないので情報として不正確かもしれませんが、出来ないと考えた方がいいと思います。少なくとも、それが出来ないTaqMan assay kitは存在しますから(泳動したらバンドが複数見えた)

リアルタイムと電気泳動による解析を同一のプライマーで行いたいのであれば、TaqMan assay kitではなく、他の方も薦めているSYBR greenによるリアルタイムを行う方が良いと思います。

Re: 削除/引用
No.1870-5 - 2008/09/02 (火) 19:26:59 - UC
 定量性を示すのであれば、ABIのsoftwareを使えば十分なので、アガロースゲルでの評価は必要ないですよね(論文のfigureとしては不要)。ゲルでのチェックというのは、ノンスペな増幅を確認したい場合とかだと思います。その際、増幅されるPCR産物のサイズは100bpと小さいことが殆どなので、濃いめのゲル(2-5%)を使うと良いです。
 どうしても、アガロースでの図を見せたいということであれば、別に長めのサイズのprimer-setを注文しても良いと思いますが。

(無題) 削除/引用
No.1870-4 - 2008/09/02 (火) 17:22:25 - あや
リアルタイム後のサンプルでは、定量性はないですよね。

ピーシーアールさんは、要するにリアルタイムでも、電気泳動でも定量結果を出したいということですよね。

普通に同じプライマーでPCRできますよ。ただ、普通のPCRの条件設定(アニーリング温度やプラトーに到達しないサイクル数)を決定しないといけません。

(無題) 削除/引用
No.1870-3 - 2008/09/02 (火) 15:19:40 - student
サイバーグリーンでリアルタイムPCRを行っています。
リアルタイムPCRを40サイクル行った後のサンプルをそのまま泳動してエチブロで観察できています。

?? 削除/引用
No.1870-2 - 2008/09/02 (火) 13:33:29 - ats
Taqman probeのみでは、PCRになりませんが...。

real−time PCR用プライマーの使い方 削除/引用
No.1870-1 - 2008/09/02 (火) 13:22:05 - ぴーしーあーる
いつもおせわになっております。
realtime PCRとアガロースゲル・エチブロ染色のRT-PCR両方をしようと思っているのですが、Taqmanのrealtime用プライマー(アプライドバイオシステム)を購入し、そのプライマーを用いてゲルで泳動してもうまく使用できるものでしょうか。可能ならプライマーを1つ注文して行いたいので教えてください

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