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反応速度の測定 トピック削除
No.1860-TOPIC - 2008/09/01 (月) 00:37:05 - みう
はじめまして。
非常に初歩的な質問でごめんなさい。

ある酵素のKm, Kcatを測定しようと思っています。
この酵素のホモログから予想されるKmは30mM程度です。
よって基質濃度6mMから60mMの間の5点程度で、酵素濃度を固定して初速度vを求め、ミカエリスメンテン、という流れで実験を行うとします。
この時、酵素濃度はどの程度にするのがよいのでしょうか?
基質濃度を固定して酵素濃度を振った予備実験をする、というのは酵素が貴重なため困難です。

どなたか詳しい方、よろしくお願いします。
 
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No.1860-4 - 2008/09/03 (水) 07:22:39 - aji
> 酵素学的な定数としては意味のあるデータはとれませんが、予備解析と言うことならありではないかと思います。

結局は予備解析の域は超えないのですが、少しでも酵素を節約したいなら、予定している濃度域の最低濃度で反応を始めて、初速度が読めた瞬間に次の濃度、、、、と繰り返すと、おおよその基質ー速度のプロットが出来ます。
ただし分光器で1,2分で速度が読め、10分ぐらいは安定な酵素、生成物阻害が起きない場合ですが。HPLCで生成物を分取して定量、という場合にも使えません。また、予備予備実験を可能な限り少量で行う工夫をするのも有効です。

酵素濃度を決めるのは逆に簡単では無いでしょうか?基質濃度5点分しか使えないのでしたら、それが全量と考えて、その100分の1で予定している最高濃度で測定する。その10分の1の活性が十分に検出できるなら1アッセイにその量で十分で、既に検出限界ぎりぎりならそもそも5点分の測定が出来ないことになると思います。こんな感じで計画してみては如何でしょうか。

(無題) 削除/引用
No.1860-3 - 2008/09/03 (水) 02:48:21 - しちみ
ご質問の目的だと基質以外は飽和させる必要があると思います。
飽和していることを示すためのデータを取っておく必要があるので、ちょっと厳しいでしょうね。
十分量あるホモログのタンパク質量等の反応条件にあわせてデータをとって比較してみるのはどうでしょう。
酵素学的な定数としては意味のあるデータはとれませんが、予備解析と言うことならありではないかと思います。

(無題) 削除/引用
No.1860-2 - 2008/09/03 (水) 00:51:50 - たむ
解決策になるとは思えませんが、何点か気付いたことを書かせていただきます。

まず、この「ある酵素」というのはどういったモノでしょうか?

みうさんが何らかのモノからクロマトなどで精製していったものでしょうか?
この様に酵素を精製する場合、まず精製前の活性を測定しクロマトのメインの活性
を測定→活性の高いフラクションを回収という流れになると思うので精製途中の
データを参考にすることになると思います。

メーカーから購入したものに関してはラベルに力価・Uなどが書かれていると
思われます。この酵素活性単位は通常、1分間に1μmoleの基質の変化を触媒する
酵素量で表されています。
もっとも、メーカー毎に反応条件や基質が異なる(同じ名前の基質でもメーカー
によって精製法・給源が異なる場合があります)ので単純に比較はできませんが。
直接、メーカーに問い合わせた方が確実です。

判断するためにも、もう少し何らかの情報が欲しいですね。
いずれにせよ、予備試験無しは厳しいかも。

反応速度の測定 削除/引用
No.1860-1 - 2008/09/01 (月) 00:37:05 - みう
はじめまして。
非常に初歩的な質問でごめんなさい。

ある酵素のKm, Kcatを測定しようと思っています。
この酵素のホモログから予想されるKmは30mM程度です。
よって基質濃度6mMから60mMの間の5点程度で、酵素濃度を固定して初速度vを求め、ミカエリスメンテン、という流れで実験を行うとします。
この時、酵素濃度はどの程度にするのがよいのでしょうか?
基質濃度を固定して酵素濃度を振った予備実験をする、というのは酵素が貴重なため困難です。

どなたか詳しい方、よろしくお願いします。

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