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(無題) 削除/引用 No.1839-3 - 2008/08/28 (木) 14:35:14 - おお > > 5'側に配列の違いがあっても、アニーリング温度などで増やし分けることは難しいです。 > 3'末端の数merに違いをつけることが重要です。 私もこの意見に賛成です。配列の若干の違いを利用してというのであれば、ホルムアミドを加える手はあるかもしれません。ただそれでもがんがんに回せば配列が違っても出てくることはじゅうぶん考えられます。そのへんを考慮しながら、どれくらいの割合で交じっている場合まで有効かとか実験系の限界をチェックしないといけないかもしれないと思います。

(無題) 削除/引用 No.1839-2 - 2008/08/28 (木) 11:25:11 - ~ 行っているのは、既知の同定済みの菌をコントロールにしたPCRで、そのコントロールで目的外の増幅が起きているということですよね。 大量の菌からピックアップしたサンプルで、2種類のプライマーが結合する配列を持っているわけではないのですよね。 >それぞれの菌に対応したプライマーをデザインしたのですが これが原因の候補になると思いますが、どのようにデザインしたのですか？ プライマーをデザインしているので、 各菌のゲノムや遺伝子などの配列情報をお持ちですよね。 どのくらい増やしたくない菌の配列とプライマーの配列は異なっているのですか？ 5'側に配列の違いがあっても、アニーリング温度などで増やし分けることは難しいです。 3'末端の数merに違いをつけることが重要です。 また、増幅された配列のサイズや配列はどのくらい違うのですか？ サイズで分けることは出来ないのでしょうか。 サイズがほとんど同じでも、増幅された配列中に異なる制限酵素サイトがあれば、RFLPで検出できるかもしれません。

デザインしたプライマーでの誤差 削除/引用 No.1839-1 - 2008/08/28 (木) 10:41:35 - 細菌学生 みなさんはじめまして。 現在、大量の菌から3種類の菌を見つけ出そうとしており、 それぞれの菌に対応したプライマーをデザインしたのですが、 3種類のうち２つの菌は、どのプライマーでも 反応してしまい、その原因がよくわかりません。 アニーリングの温度を高くしてみたりしたのですが、 それでも上手くいきません。 何が原因か思いつく方、アドバイスをお願いしたいです。 よろしくお願いします。

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