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(無題) 削除/引用 No.1831-10 - 2008/08/28 (木) 13:39:31 - おお ちょっと幅広い視野で考えてみました。mRNAの増減あるいは発現維持は転写だけではありませんので少し注意が必要です。実際に転写活性を直接的に示すためにrun-onアッセイが要求されることもありますね。サイトカイン関係のmRNAはよくAUリッチな配列があって、その配列がmRNAの安定性を制御しているばあいがあります。場合によってはスプライシングとNMDのカップリングなどでmRNA(遺伝子)の発現を調整していたりもします。スプライシングとAUリッチな配列の制御のコンビネーションと言うのもあるかもしれません。 あとはチップアッセイの性質上、定量的にはならないですね。特定の遺伝子のプロモーターに対して十分な発現を誘導する転写因子のそのプロモーター(厳密にはエンハンサー)へのアフィニティーとか、ある程度以上のアフィニティーでは頭打ちになる可能性とか割り出せるものではありませんから、、、 NF-ｋB阻害剤を含め細胞レベルの実験ではどうしても2次的な作用も拾ってしまいますので結論を急ぐと危険かなとも思います。あなたの実験系でNF-ｋBで直接的に発現が制御されている可能性が高いものと比べながらタイムコースを取ってみてもいいかもしれません。 話をややこしくしましたが、実験の発展のさせ方でこの辺の考慮の仕方が変わってくるかもしれませんので、参考になるところがあれば幸いです。

(無題) 削除/引用 No.1831-9 - 2008/08/28 (木) 11:49:09 - Caspase あれ？文章がおかしいですね 誤)NF-kBの阻害剤と投与するとmRNA誘導するのでNF-kBの作用がドミナントであるからという点ですが、NF-kBの阻害剤はどのようなものをお使いでしょうか？ 正)NF-kBの阻害剤を投与するとmRNA誘導が抑制されるのでNF-kBの作用がドミナントであるからという点ですが、NF-kBの阻害剤はどのようなものをお使いでしょうか？ の間違いです。

(無題) 削除/引用 No.1831-8 - 2008/08/28 (木) 11:47:24 - Caspase NF-kBの阻害剤と投与するとmRNA誘導するのでNF-kBの作用がドミナントであるからという点ですが、NF-kBの阻害剤はどのようなものをお使いでしょうか？ というのもある低分子化合物のNF-kB阻害剤を用いたことがあるのですが、濃度や細胞によっては他の経路も抑えてしまっている経験がありましたので他の経路への影響を確認されているかどうかということと、特異性の高い阻害剤をご教示いただければと思い投稿させていただきました。

(無題) 削除/引用 No.1831-7 - 2008/08/28 (木) 09:12:22 - あや APさん＞ そうですね、それが考えるきがします。これを証明するとしたら、ｽﾃﾛｲﾄﾞレセプターがpromoter上にrecruitmentしていることを示したらよいですよね。 NF-ｋBがはずれるという点では、転写がさがるけど、ｽﾃﾛｲﾄﾞにより転写があがり、結果的にプラスマイナスゼロで下がっていないってことかなと・・・・

(無題) 削除/引用 No.1831-6 - 2008/08/27 (水) 20:51:25 - AP ステロイドだけのコントロールなんてあるんでしょうか。 ステロイド自体が転写調節に強い作用を持つligandですから。 単純に考えるとステロイド投与でNF-kBは離れるけれど、 かわりにステロイドレセプターが転写を上昇させているとか。

(無題) 削除/引用 No.1831-5 - 2008/08/27 (水) 18:36:43 - GE あやさんの最初の情報だけだと、この現象を解釈するのに情報が足りないようですね。 とりあえず・・・、 別々の遺伝子を見ているのですから転写制御系が全く同じで無くても不思議ではないと思います。転写制御系が全く同じである根拠はどこから来るのでしょうか？ NFkB以外の転写因子がNFkBの代わりに遺伝子上に結合し、作用している可能性もあります。 ＞＞また、どのように説明ができますでしょうか？ これは自分で考えることではないでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.1831-4 - 2008/08/27 (水) 17:04:48 - あや ありがとうございます。 ここにいたる実験の前に、後者の遺伝子はNF-ｋB阻害剤を加えると転写が上昇しなかったので、このような考えにいたっているのですが・・・・

(無題) 削除/引用 No.1831-3 - 2008/08/27 (水) 16:04:04 - GE おおさんのいうとおりだと思います。 なぜ転写因子がNF-kBだけだと考えておられるのでしょうか？そこが不思議です。。。

(無題) 削除/引用 No.1831-2 - 2008/08/27 (水) 14:11:11 - おお 遺伝子は一つの転写因子で制御されているとは限りません。違うエンハンサー領域がありそこに結合する転写因子も、その遺伝子の発現に関与している可能性も考えられると思います。

転写因子のpromoter上への結合・離解とｍRNA発現について 削除/引用 No.1831-1 - 2008/08/27 (水) 13:48:54 - あや いつも勉強させていただいております。 転写の調節について、疑問点があります。 培養細胞をサイトカインで刺激しました。 ある遺伝子では、転写因子（NF-kB）がpromoter上に結合しているときはｍRNA発現が上昇し、サイトカイン+ｽﾃﾛｲﾄﾞで刺激したところ、ｍRNA発現が減少し、NF-ｋBも離れていました。（転写因子の結合はChip assayにて） ですが、別の遺伝子（ともにNF-ｋBが転写調節している）では、NF-KBが離れているのに、ｍRNA発現が減少しませんでした。 つまり、転写因子の結合状態と、ｍRNA発現が後述の遺伝子ではlinkしないのです。 このような場合ってありますでしょうか？また、どのように説明ができますでしょうか？

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