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(無題) 削除/引用 No.1825-6 - 2008/08/27 (水) 13:15:55 - おお > その時、RNA調整ミスによってdegradationが起こったサンプルでは、18Sの増幅は1000分の1程度になっていましたので、恐らく見ているものはgenome由来ではなく、逆転写産物由来だと思います。 実験条件など比べれない状況なので、ゲノムのコンタミを否定しない方がいいと思います。 そういえばリボソーマルRNAが逆転写されないランダムプライマーが開発されているとかいう話を聞いたことがあります。

お礼 削除/引用 No.1825-5 - 2008/08/27 (水) 12:52:47 - CC ありがとうございました。 dTが非特異的にアニールするとは予想外でした。 大変勉強になりました。

(無題) 削除/引用 No.1825-4 - 2008/08/26 (火) 18:25:15 - ryo 追加です。 過去にoligo dTで逆転写したcDNAの18Sをうっかり見ていたことがありますが、確かにかなり早いcycleで増幅がかかりました。 その時、RNA調整ミスによってdegradationが起こったサンプルでは、18Sの増幅は1000分の1程度になっていましたので、恐らく見ているものはgenome由来ではなく、逆転写産物由来だと思います。

(無題) 削除/引用 No.1825-3 - 2008/08/26 (火) 17:11:04 - AP まず関連する過去ログ http://www.kenkyuu.net/cgi-biotech2/biotechforum.cgi?mode=view;start=3;Code=1542 http://www.kenkyuu.net/cgi-biotech2/biotechforum.cgi?mode=view;start=2;Code=1321 rRNAはmono-nucleotide streachに富んでいて、Aがかなり並ぶところもありますので、多少のミスマッチがあったとしてもoligo-dT primerがprimingし得ます。 また、rDNAもコピー数が多いので、シングルコピー遺伝子よりも鋳型になるゲノムDNAが残留しやすいと思います。

(無題) 削除/引用 No.1825-2 - 2008/08/26 (火) 16:58:22 - ryo いえ、恐らくoligo dTが非特異的にrRNAにアニールすることによって生じる逆転写産物だと思います。 dTカラムを用いても完全にrRNAを除くことはできないわけですし。

RT-PCRでオリゴｄTを使ったのに18S rRNAが検出 削除/引用 No.1825-1 - 2008/08/26 (火) 16:30:53 - CC 18s rRNAやアクチンをコントロールに使って　リアルタイムRT−PCRを計画してます。18S rRNAは、polyA テールがないので、トータルRNAからランダムプライマーでｃDNA合成すると思います。 ところが、オリゴｄTで逆転写をしたサンプルで、18S rRNAのプライマーを使ってPCRを行うと綺麗なバンドが、予想される位置に出てしまいました。これはゲノムのコンタミと考えて良いでしょうか？

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