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アミノ酸シークエンス トピック削除
No.1822-TOPIC - 2008/08/25 (月) 23:55:23 - noenoe
お世話になっております。
免疫沈降で検出されるバンドのアミノ酸シークエンスの受託を考えているのですが、そのバンドは銀染色でもうっすら見える程度です。細胞数は今の数倍位しか増やせないため、これ以上バンドが濃く(タンパク量が増える)ことは期待できません。

以上のような超微量のバンドでもアミノ酸シークエンスは可能でしょうか。
 
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無理っぽいと思います。 削除/引用
No.1822-5 - 2008/08/26 (火) 14:16:28 - 名無し
分子量にもよるけど、経験ではやっぱCBBではっきり染まるくらいのバンド2つ分くらいは必要だと思う。CBBで染まってても分子量が大きいものだとそれでも足りず数残基しか読めないこともあるくらいだから、銀染レベルだとちょっと無理と思う。もともと、あるいは染色脱色などの操作の過程でアーティフィシャルにN末がブロックされてることもけっこうよくあるのでN末端配列読みたいなら脱ブロックなどいろいろやらないといけない場合もありけっこう面倒。精製した蛋白質ですか。それともクルードで電気泳動のゲルとかからの切り出し?もし後者なら細胞分画や簡単な部分精製のステップを入れてその蛋白質を濃縮できないですか。単に同定するだけでいいならLC/MS/MSのほうがいいとおもう。ただ、みたい蛋白質画微量だとケラチンなどの大量のきょう雑蛋白質のコンタミ由来のペプチドに隠れてしまい結果が分け分からなくなる恐れはあるから、信頼できるデータを得るにはやっぱ多い方がいい。

(無題) 削除/引用
No.1822-4 - 2008/08/26 (火) 09:31:39 - ~
銀染だと、大体1ng(20fmol)位が検出限界ですよね。(キットや分子量によりますが)
LC-MS/MSであれば、25fmol以上で受託しているところもあるようですから、
受託会社によっては受けるのではないでしょうか。

詳しい資料(泳動写真など)もつけて、
受託会社に相談した方が確実だと思います。

(無題) 削除/引用
No.1822-3 - 2008/08/26 (火) 08:21:00 - -
LC-MS/MSなら問題ないのでは。

(無題) 削除/引用
No.1822-2 - 2008/08/26 (火) 00:12:19 - ami
難しい思います。

アミノ酸シークエンス 削除/引用
No.1822-1 - 2008/08/25 (月) 23:55:23 - noenoe
お世話になっております。
免疫沈降で検出されるバンドのアミノ酸シークエンスの受託を考えているのですが、そのバンドは銀染色でもうっすら見える程度です。細胞数は今の数倍位しか増やせないため、これ以上バンドが濃く(タンパク量が増える)ことは期待できません。

以上のような超微量のバンドでもアミノ酸シークエンスは可能でしょうか。

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