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PCRのノンスペのバンド トピック削除
No.1803-TOPIC - 2008/08/21 (木) 13:28:18 - あう
おせわになります。
PCRをまわしていると目的のバンド以外の大きさのノンスペがよく出ます。
最終的に論文にする時にこのノンスペについてはどのようにするのがもっともよいのでしょうか?

@目的のサイズのバンドのみを図にする。
Aゲル全体の写真をだしてノンスペについては特に触れない
Bゲル全体の写真を出して、ノンスペが見られたことについて述べる

どれがよいのでしょうか。
 
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(無題) 削除/引用
No.1803-6 - 2008/08/22 (金) 17:27:26 - himawari
CellやPNASに論文を投稿する際に、画像を加工せずにOriginalの画像を
添付して送れとクレームが入ったことがあります。

投稿先のジャーナルや論文の質(どれだけ価値があるか)にもよる
のではないでしょうか。

IRESさんと同じように、私も条件を整えてキレイなデータを出すように
しています。
(クレーム処理が面倒くさいのと、データに美しさを追求したいので)

(無題) 削除/引用
No.1803-5 - 2008/08/21 (木) 21:38:42 - IRES
あとでクレームやらなにやら、或いは個人的な感覚として、
私ならどうしても気になるので条件を整えます。
primerをかえるなり、PCR conditionをかえるなり。
そのnon specificなバンドは切り出ししてシーケンスを読むことは出来ないのですか?本当にnon-specificなのか、isoformだったりなどの可能性はないのでしょうか?

http:// 削除/引用
No.1803-4 - 2008/08/21 (木) 21:20:18 - TK-1
そのバンドが、論文の主旨に影響しない本当の"non-specific"なバンドならば無理に隠す必要はないと思います。最近は雑誌側もねつ造防止策を徹底していますので、バンドをクロップする場合、目的バンドの上下にバンド幅の10倍以上のスペースを残すことを要求されることもありますし、Nature系の雑誌の場合はwesternやgel shiftの場合(PCRの場合は知りません)、uncropped gel imageをsupplementary figureとして出すことを強く推奨されます。必要以上に述べることも隠すこともないかと思いますが、写真を出して、そのバンドに*でもつけて、レジェンドでnon-specificだと言っておけばいいんじゃないでしょうか。

(無題) 削除/引用
No.1803-3 - 2008/08/21 (木) 15:33:42 - とう
小生は実験の目的によって、考え方を変えています。

定性的なPCRであれば、目的以外のバンドが多少出ていても良しとしします。
すべてのバンドを、出すか出さないかは、どちらでも。大抵は、特異的なバンドだけですね。
おそらく皆さん。

しかし、定量的なPCRの場合は、実験系を考え直す必要があると思います。
目的以外のバンドは、基本出ていない事が条件であると思いますから。

(無題) 削除/引用
No.1803-2 - 2008/08/21 (木) 15:23:13 - おお
@目的のサイズのバンドのみを図にする。
が結構ちまたではやられているのではとおもいます。
ノンスペがでたとき、それが実験に支障がないのであれば、全部見せても良いかと思います(支障があるのであれば、もちろんPCRを改善してください)。そう言うよく分からないバンドはuncharacterizedとしておいてもいいかもしれません。実際にそのバンドについて触れるかどうかは、主旨について関係なければ特にああだこうだと書かなくても良いと思いますが、読む人は、どのバンドをほんとの バンドと考えているか分からなくなったり、迷ったりする可能性があるので、そういう所が明確になるような書き方(図の作り方)をするといいかと思います。

PCRのノンスペのバンド 削除/引用
No.1803-1 - 2008/08/21 (木) 13:28:18 - あう
おせわになります。
PCRをまわしていると目的のバンド以外の大きさのノンスペがよく出ます。
最終的に論文にする時にこのノンスペについてはどのようにするのがもっともよいのでしょうか?

@目的のサイズのバンドのみを図にする。
Aゲル全体の写真をだしてノンスペについては特に触れない
Bゲル全体の写真を出して、ノンスペが見られたことについて述べる

どれがよいのでしょうか。

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