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情報 削除/引用 No.1780-9 - 2008/09/30 (火) 11:37:19 - たぬき 人類遺伝学会で見たのですが、モリテックスという会社が次世代シーケンスのサービスをはじめたようです。 キャンペーンで安くなっているようです。 http://www.pgx-glyco.com/ 前にマイクロアレイの実験を依頼したことがありますが、とても親切でした。

(無題) 削除/引用 No.1780-8 - 2008/08/21 (木) 16:47:01 - バクテリア ごめんなさい。 ↓間違えました。

シークエンス外注値段 削除/引用 No.1780-7 - 2008/08/21 (木) 16:44:37 - バクテリア 96wellプレート15枚をシークエンスする計画なのですが、どこに外注しようか悩んでいます。 シークエンス領域を通常のPCRで増幅した段階で外注先に送付したいと思います。 送付元はイギリスです。 どこかお値打ち、お勧めの業者さんがありましたら教えてください。 日本、国外を問いません。 今までのところ、Functional Bioscience Inc.　というアメリカの会社が 432 US$/96well-plate で最安でした。

(無題) 削除/引用 No.1780-6 - 2008/08/21 (木) 16:32:59 - バクテリア Pumpkinさま、 高いお金をだして取得した有用なシークエンスデータをみすみす公開する ことはあまりない、ということですね。確かにそうですね。 貴重なコメントありがとうございました。 ところで、人のゲノムを千ドルで読む、というプロジェクトがあるように、 次世代シークエンサーがコモディティ化しつつあると思います。 数Gバイトのデータをアセンブリ、アノーテーションするのは大変だと 思いますが、早く既存の装置並みに使いこなせるようになってほしいです。

(無題) 削除/引用 No.1780-5 - 2008/08/20 (水) 08:37:57 - Pumpkin >新種のバクテリア全ゲノムの登録はあまり進んでいませんね 低価格で出来るようになってきていますので、企業などが単独で行うケースも著しく増加してきていると聞いています。そのような場合はインハウスデータとして持ちますのでなかなか公開されないケースも同様に増えているようです。 JGIやNCBIで進行状況が見られますが、公共でないとどこまで進んでいるのか分からないのが現状ですね。

(無題) 削除/引用 No.1780-4 - 2008/08/20 (水) 04:48:59 - バクテリア Pumpkinさま、 コメントありがとうございました。 TAKARAの件は初めて知りました。もう少し勉強して直接連絡してみようと思います。 APさま、 情報ありがとうございました。 教えて頂いた通りのカタログスペックが発揮されれば、5Mbの解読は容易 だと思われますね。ただ一方で、今年出た次世代機の説明を読むの、”それまでの機種ではGAPが埋まらないケースが多々ありそれを改善した”的なことが 書かれており、カタログスペックをついつい疑ってしまう自分がいます。 この点についてどなたか経験談がありましたらお願いします。 次世代シークエンサーが登場してからしばらく経ちましたが、新種のバクテリア全ゲノムの登録はあまり進んでいませんね。数Mbの解読など数時間だと思いますが、どこかに問題点が潜んでいるのでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.1780-3 - 2008/08/19 (火) 09:40:47 - AP いろいろリサーチされているとは思いますがこの程度の価格でやっているところもありますよという、ご参考 http://www.postgenome.jp/initia08.html 36 bp/1 read x 400万reads = 125 Mbを最低保証として65万円 マッピング20万円〜 5 Mbゲノムなら25倍の冗長性になり、一系統のゲノム全長を読むのには十分じゃないかと思いますが、冗長度を減らせばこのスケールでも複数の系統を調べて、かなりの座位のSNPタイピングはカバーできるのではないでしょうか。 詳しくは、各社の営業・技術担当者とお話してみるのが良いと思います。

(無題) 削除/引用 No.1780-2 - 2008/08/19 (火) 08:57:06 - Pumpkin 標準株の全ゲノム配列が決定されているのであれば、リシークエンスができるので大分楽だとおもいます。さらに、5Mb程度ですし、そんなに高くないと思います。 100〜200万の予算で、しかも数株となるとまだまだ厳しいと思います。ただ何分やったことがないので正確なことは業者に電話されたほうがよいでしょう。国内メーカーであればTaKaRaが既知ゲノムに対しての変異箇所解析を行っています。Solidなどで大量に出てくる30塩基ほどのシークエンスを既知ゲノムに対応させていきます。 他にも海外メーカーに受託している会社もあります。

全ゲノムシークエンスの値段 削除/引用 No.1780-1 - 2008/08/19 (火) 04:44:52 - バクテリア 最近、頻繁に次世代シークエンサの話題を耳にするようになりました。 こうした装置による解析を個人で依頼することは可能でしょうか？ ゲノムサイズは5Mb程度（バクテリア）で、 標準株の全ゲノムは既に公開されています。 自分が着目している株には500箇所程度のSNPが存在していると想定しており、このSNPの最低半数程度を同定することが目的です。 予算は100万円〜200万円で、できれば数株読めればと考えているのですが、現時点ではまだ無謀な望みでしょうか？ お勧めの業者さん、コメント等ありましたら教えてください。

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