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(無題) 削除/引用 No.1764-4 - 2008/08/15 (金) 00:00:09 - しちみ プロダクトが長いと２次構造をとったりする危険が増えて、増幅効率を２にできなくなる場合が多くなってくるので短くするようにしているのだと思います。 最適化できれば増幅効率はそんなに変わらないと思いますが、伸張時間は延ばさないとうまくいかないでしょうから、最適化条件は異なってきそうですね。 ご自身でご指摘のとおり、基質消費が早いのも難点でしょうね。 プライマー２０塩基×２とした場合に９０ｂｐのプロダクトに対して、１９０ｂｐのプロダクトでは３倍の消費速度になります。 伸張部分のGC含量が偏っていたりすると、なおさら問題になりそうですね。

Re: 削除/引用 No.1764-3 - 2008/08/14 (木) 15:20:38 - UC 　SYBR Green系でしたら、200bpを超えるプライマーでも、かかるものは問題なくかかります。ただ、先にあるように増幅効率の検討は必要です（どんなプライマーにもいえることですが）。 　こればかりは、実際にやってみないと何ともいえない部分ですね。

(無題) 削除/引用 No.1764-2 - 2008/08/14 (木) 12:03:01 - R 別に非特異産物ができなければ、問題ないと思います。 ただ、そのプライマーでの増幅率を算出するために希釈系列のスタンダードを入れる必要はあると思います。 産物を短くというのは、デルタ・デルタCt法ではどの条件でも増幅率が2 (100%)である必要があるので、それに近づけるためだと思います。

PCR産物の長さとReal time 削除/引用 No.1764-1 - 2008/08/14 (木) 11:12:07 - Real 現在、既存のPCRプライマーを用いてReal-time PCRによる発言定量を行なおうとしています。いくつかのPrimerの組み合わせで、Real-timeの適切な長さの50〜150bpを超えてしまい、なかには200bpを超える組み合わせもあります。 研究の目的上プライマーの位置を動かせないので、困っております。長い距離のReal-time PCRを行なう際注意すべき点、行なうとよい工夫、ご自身の経験談などお教え下さい。また増幅領域が長いと、PCR効率が落ち、基質の消費によるプラトーも早く来そうですが、これら以外にどんなことが起こるでしょうか？ よろしくお願いします。

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