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(無題) 削除/引用 No.1749-5 - 2008/08/09 (土) 23:40:01 - AP サンプルに含まれる塩が原因かなあ。オリゴDNAそのものも、グレードによっては塩がかなり残っている可能性があります。 それと、loading dyeの組成と、反応液に対して加えている量はどんなもんでしょう。TBEバッファ系では、ホウ酸がグリセロールと相互作用して泳動が乱れることがあるそうです。酵素などからの持込濃度は高くなっていませんか？

(無題) 削除/引用 No.1749-4 - 2008/08/09 (土) 18:17:22 - DSC > 塩を先に流した後に オリゴは塩を含むラベリング反応溶液のまま泳動するのであれば、空きレーンには単なるdyeではなく、同じバッファー組成・同じ体積のダミーにdyeを加えたものを流す方が、よりゆがみが低減されますよ。

(無題) 削除/引用 No.1749-3 - 2008/08/09 (土) 18:03:00 - s >a さん prerun は 500V で数分-数十分行っています。また、いきなり 1500V ではなくてまずは 500V で 30 min くらい泳動して塩を先に流した後に 1500V に上げています。 空レーンに dye は入れてなかったので次は入れてやってみます。

(無題) 削除/引用 No.1749-2 - 2008/08/09 (土) 16:22:36 - a プレランしてますか？ ABI377では5min間プレランしてました。 あと、空レーンはloading dyeを入れてますか？

シーケンスゲル電気泳動 削除/引用 No.1749-1 - 2008/08/09 (土) 16:03:34 - s 現在シーケンスゲルを用いて RI ラベルしたオリゴ DNA の分離を行っています。 といってもシーケンスを読んでいるわけではなく、1-21-mer の DNA を分離するためにシーケンスゲルを使っています。 なのですが、どうも電気泳動がうまくいきません。マーカーがどんどん左右に広がっていき、左右の端の数レーンはつぶれてしまいます。 無事だったレーン中のバンド自体はそこまで広がっているということはなく、レーン自体がゆがんで流れているようです。シャークコウムを用いていてレーン数は 29 あるのですが、隣のレーンのバンドとつながってしまうため 1 レーンおきにサンプルをアプライし、端の数レーンは使えないので結局 1 回の泳動で 10 サンプルくらいしか解析できません。 まっすぐ流れない原因は何なのでしょうか？ 変性 20%ポリアクリルアミドゲル(8M 尿素)で 1xTBE buffer で 1500V 定電圧でアルミ放熱版を両側につけて約 12h 泳動しています。ゲル版は横約 20 cm, 縦約 60 cm です。 最近はシーケンスゲルを使う機会も少なくなっていて、周りに聞ける人もいません。きれいな泳動パターンを得るコツを知っている方がいましたら、ぜひご教授下さい。よろしくお願いします。

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