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(無題) 削除/引用 No.1710-4 - 2008/08/05 (火) 15:39:04 - 選択圧 弘法さん、caspaseさん御指導ありがとうございます。 選択圧の違い理解できました。異なる系(LexA)で相互作用する分子が報告されているので、Matchmakerの系でも使えるか、どちらの選択圧がよいか検討してみます。

(無題) 削除/引用 No.1710-3 - 2008/08/04 (月) 20:09:16 - 弘法 -Hisと-Adeで選択を掛けられるということは、ClontechのMatchmakerだと思います。このシステムではプラスミドが2μm由来なので、コピー数にかなりの柔軟性があります。ですから、まず低いハードルの-Hisで選択をかけ続けると、baitとpreyのプラスミドのコピー数がレポーターの発現を最大にするように最適化されてきます（実際には最適のコピー数を持つようなプールの生育が良いため、全体に占めるその割合が増す）。そのため、最初から-Adeの選択を掛けてしまうとハードルを越えられないような弱い相互作用のクローンも、-Hisの選択の後にはハードルを越えられるようになるわけです。 というのは、あくまで机上の話です。実際問題として、こうしないと取れてこないような弱い相互作用を示すクローンに、真の相互作用因子が含まれているのかどうかというのはまた別の話に考えるべきだと思います。

(無題) 削除/引用 No.1710-2 - 2008/08/04 (月) 18:35:02 - Caspase -Leu/-Trp/-Hisで相互作用の弱いものから強いものまでを選択し、更にその中から-Leu/-Trp/-His/-Adeで強いものを選択するという意味ではないですかね。 私はいきなり-Leu/-Trp/-His/-Adeで選択していますが... 例えば用いるbeitのpositive controlとなるものがあれば、そのinteractionを指標にどちらの選択圧を用いるかを決めると良いかもしれないですね。 なければ前者の方が取りこぼしが少ないかと思いますが擬陽性も当然増えます。

Y2Hにおける選択圧の違い 削除/引用 No.1710-1 - 2008/08/04 (月) 18:13:22 - 選択圧 Y2Hで-Leu/-Trp/-Hisでセレクション後、さらに-Leu/-Trp/-His/-Adeでセレクションする方法と最初から-Leu/-Trp/-His/-Adeでセレクションする方法があり、前者の方が相互作用の弱いクローンまでカバーできるとクロンテックの説明書に記載があります。 どちらも最終的には-Leu/-Trp/-His/-Adeでセレクションするのになぜこのように選択圧に違いがでるのか疑問に思っております。 Y2Hに詳しい方がいらっしゃったら御指導ください。

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