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(無題) 削除/引用 No.1709-4 - 2008/08/04 (月) 16:51:13 - アナボ 配列情報を元にドメインを探すアルゴリズムは、ドメインに共通するアミノ酸配列に共通の配列を検出するわけですから、原理的に本来のドメイン領域よりは狭く出るはずです。したがって、もし私たちが住んでいるこの世界が理屈通りに成り立っているならば、より広く取るべきであると考えられます。 ただし、上記はあくまで原理的な話であって、「ドメインに共通するアミノ酸配列」の抽出法自体、曖昧さの残るものなので、必ずそうなるものでもないのが辛いところです。 というわけで、~さんの仰るとおり、両方試してみるべきだし、さらに少しずつ断端を振った別のコンストラクトも余裕のある限り試してみるべきだと思います。

(無題) 削除/引用 No.1709-3 - 2008/08/04 (月) 16:50:39 - おお 私なら、その領域前後を含めた配列で2次構造予測をなるべく複数のソフトで行い、構造を途中でプレイクしていないかを確認します。もし、なにか結晶のx線回折で構造が分かっている物があれば、スーパーインポーズしてみて、3次構造的にどうか見てみます。あとはそのタンパクの配列全体でたの同じモチーフを持ったタンパクをならべアライメントしてみます。オーソログなどでも、つなぎ目のあまり意味のない配列のところはホモロジーが低いかもしれませんし、オーソログいがいを比べるとどういうふうに途切れているか分かる可能性があると思います。 結局のところは両者ともアルゴリズムの違いモチーフとして抽出する時のパラメーターた定義の違いで若干差が出てきているのだと思います。どちらがいいとか、だたしいとかはないと思います。 細かいこと抜きにすると、前後大きめに取った方が無難でしょう。

(無題) 削除/引用 No.1709-2 - 2008/08/04 (月) 16:41:21 - ~ 両方試すべき。 数アミノ酸で機能に違いが出たら面白いですね。

ドメインサーチの結果 削除/引用 No.1709-1 - 2008/08/04 (月) 16:27:21 - ドメイン あるタンパクのドメインのみをタンパクとして 発現させたいと考えています。 そこであるInter Pro Scanでドメインをサーチしたところ、 データーベース間(SMARTとPfam)で領域が左右、数アミノ酸異なります。 この場合、どちらのデーターベースを採用すべきなのでしょうか。

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