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コンピテントセルの形質転換効率と採れるplasmid量の関係 トピック削除
No.1700-TOPIC - 2008/08/02 (土) 23:57:13 - さなぎ
 初めて投稿させて頂きます。

 コンピテントセルのカタログ等を見ると、1×10の9乗cfu/ugといったように形質転換効率が記載されていますが、こういった形質転換の効率は形質転換に成功したコロニーの得られる数にのみ影響するものなのでしょうか?

 それとも、形質転換後、培養したコンピテントセルから精製できるプラスミドの量にも影響してくるのでしょうか?

 プラスミドが入りやすい菌なら、1つの菌あたりに入るプラスミドのコピー数もその分多くなってきそうに思われますが、同時にその程度の影響はローコピー・ハイコピーに関わらず、プラスミドが複製される過程で消えてしまうのではないかという気もします。

 所属している研究室ではクローニング等を行っている人はほとんどおらず、プラスミド自体は他の研究室からもらったものや購入したものをそのまま使っているので、コロニー数だけの問題ならばそれほど高い形質転換効率が必要であるとは思えないのですが、コンピテントセルから精製するプラスミドの使用量は多いので、そちらにも影響してくるようであれば困ります。

 どなたかご存知の方がいましたらよろしくお願いいたします。
 
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No.1700-6 - 2008/08/04 (月) 20:00:51 - 貧乏人
molecularな仕事をルーチンでやっているラボなら、コンピテントセル自作ほど報われる単純作業はそうそうないですよ。「うちは買ってるよ」という話を聞くたびに、「私の自作のセルの効率が劣っていなかったら、今お使いのものの半額で買ってくれませんか?」と言いたくなります。真面目に作れば半日の労働で百万円分くらいできます。

もちろん、たまにしかmolecuarな仕事をやらないようなラボなら、数万円で済むんだから買って別の所に労力を割いた方が良いと思います。

(無題) 削除/引用
No.1700-5 - 2008/08/04 (月) 18:53:41 - さなぎ
> 時間に余裕がある(場合にもよるが、半日程度)ならば、
> コンピテントセルを自作してはいかがでしょうか?


コンピテントセルを自作しているという話はあちこちのトピックで見かけていましたが、時間やテクニックがだいぶ必要なのだろうと思って考えていませんでした。

半日程度ならやってみる価値はありそうなので、考慮してみます。

ありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.1700-4 - 2008/08/04 (月) 09:58:37 - EcoRI
時間に余裕がある(場合にもよるが、半日程度)ならば、
コンピテントセルを自作してはいかがでしょうか?

必要なのは、LB、シェーカーインキュベーター、分光光度計、遠心機、液体窒素
ぐらいです。

おそらく購入するより安くできると思いますし、
cfuもそれほど悪くはならないと思います。

プロトコルは成書がたくさんありますので、そちらを参照なさればよろしいかと思います。

ありがとうございます。 削除/引用
No.1700-3 - 2008/08/03 (日) 20:22:59 - さなぎ
 形質転換効率は採れるプラスミドの量には関係しないのですね。

 これまで先輩が使用してきたのと同じ形質転換率の高い株を使ってきたのですが、費用がかさむので同じ系統で形質転換率の低いsubcloning efficiencyのものに変えたいと考えていました。

 形質転換後、コロニーを拾う時に、プラスミドが最初にあまり入らなかったコロニーからは少ししかプラスミドが取れないから多目にミニプレップしてプラスミドの収量が多かったコロニーのフリーズストックを作れ、と教わったので、不安がありましたが、これで安心できます。

 ありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.1700-2 - 2008/08/03 (日) 02:39:17 - おお
採れるplasmid量には関係しません。
効率の高いコンピテントが必要なのは、ライゲーションなどをしたあとにトランスフェクションした時です。
インタクトの(既に出来上がっている)プラスミドのトランスフォーメンションには効率のひくいコンピテントでも十分で、そのため高い効率のコンピテントを作ろうとしたけどさほど高い物が得られなかったものを、インタクトの(既に出来上がっている)プラスミドに使ったり、カルシウムを使った方法(非常に効率がわるい)でトランスファーメーションしたりすることがあります。

コンピテントセルの形質転換効率と採れるplasmid量の関係 削除/引用
No.1700-1 - 2008/08/02 (土) 23:57:13 - さなぎ
 初めて投稿させて頂きます。

 コンピテントセルのカタログ等を見ると、1×10の9乗cfu/ugといったように形質転換効率が記載されていますが、こういった形質転換の効率は形質転換に成功したコロニーの得られる数にのみ影響するものなのでしょうか?

 それとも、形質転換後、培養したコンピテントセルから精製できるプラスミドの量にも影響してくるのでしょうか?

 プラスミドが入りやすい菌なら、1つの菌あたりに入るプラスミドのコピー数もその分多くなってきそうに思われますが、同時にその程度の影響はローコピー・ハイコピーに関わらず、プラスミドが複製される過程で消えてしまうのではないかという気もします。

 所属している研究室ではクローニング等を行っている人はほとんどおらず、プラスミド自体は他の研究室からもらったものや購入したものをそのまま使っているので、コロニー数だけの問題ならばそれほど高い形質転換効率が必要であるとは思えないのですが、コンピテントセルから精製するプラスミドの使用量は多いので、そちらにも影響してくるようであれば困ります。

 どなたかご存知の方がいましたらよろしくお願いいたします。

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