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同一クローン由来のクローンで発現量が違う? トピック削除
No.1670-TOPIC - 2008/07/30 (水) 17:36:27 - EcoRI
お世話になっております。

現在、組換えタンパク質を精製しています。
1つの形質転換体を培養して、選択培地に撒いて得られたクローン毎(理論上、差異はないはず)
の組換えタンパク質の生産量が異なる、
ということはあり得ることなのでしょうか?

同じクローン由来だから、ということで、別の日に別のクローンから組換え体を精製したところ、
収量に5倍程度の差が認められましたので、
少し気になった次第です。

もちろん、濁度を完全に合わせることは困難なので、直接的な比較はできない、と思います。
しかし、ある範囲内に収めることができれば、それほど発現量に差はないと考えます。


収量が低くても、培養を繰り返せばいいので、さほど問題ではないですが。
ちなみに、当ラボでは、培養スケールは 1 L が限界です。
 
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(無題) 削除/引用
No.1670-11 - 2008/07/31 (木) 10:26:59 - EcoRI
皆様ありがとうございます。

実は発現系がpCold-Iというベクターを用いていて、これが24時間のインキュベートを必要としているのです
(ご存知の方も多いかと思います。)
さらに、ウサギへの免疫用のタンパク質なので、大量に(~1 mg)欲しいところなのです。
前培養、本培養・誘導、発現量の確認だけで3、4日かかってしまうのです。

なので、できるだけ発現の多いクローンをkeepしておきたい、と考えたのですが…
グリセロールストックで、発現量が落ちることも有るのですね。
まぁ、生物相手なので、わからないではないですが。

まとめると、
毎回、形質転換させてから、培養・誘導させた方が良い。
しかし、グリセロールストックから培地にストリークして、シングルをいくつか拾って、
発現がそこそこのものを発現に持っていく。

このような指針でよろしいでしょうか。
もちろん、タンパク質によりけりである、ということもあると思いますが。

(無題) 削除/引用
No.1670-10 - 2008/07/30 (水) 23:05:04 - おお
あと、大腸菌のクローンのバリエーションが出てきているかもしれません。

(無題) 削除/引用
No.1670-9 - 2008/07/30 (水) 22:51:39 - おお
私は毎回トランスフォーメーションするのがいいかと思います。ボスはグリセロールストックOKというのですが、起こす度に発現が落ちてきています。もういい加減気がついてほしいのですが、、、、
グリセロールストックでも、プレートに線画培養しクローンを何個か拾えばいいかと思います。

あとトランスフォーメーションで、クローンを拾って、発現をチェックした時発現量が極端に多いクローンは避けた方がいいと思います。へいきんてきな はつげんをしているくろーんをひろうほうがいいです。

(無題) 削除/引用
No.1670-8 - 2008/07/30 (水) 20:38:57 - A
大腸菌であれば経験的にですが同じクローンであっても
グリセロールストックを作成したタイミングが違えば
生えがわるいことはあります。原因ははっきり知りませんが。
基本的にはグリセロールストックよりも、新しくプレートに
引いて元気にしておいてから前培養に使ったほうが生えが
いいように思います。もしこの先長い間グリセロールストック
から始めて蛋白質安定して発現させたいのであればおおめの
グリセロールストックを準備してそれを200uLぐらいに分注、
ディープフリーザーで保存し(頻度にもよりますが100-200tubesも
あればいいかと)、毎回使い切りにすれば安定した発現が
得られるのではないかと思います。

(無題) 削除/引用
No.1670-7 - 2008/07/30 (水) 20:37:53 - EcoRI
ドナドナ様

後学のために教えてください。
グリセロールストックから出発して痛い目にあわれた、とは
具体的にはどのような現象を指しておられるのでしょうか?

この現象が起きたとき、形質転換まで戻る
という指針などがあれば幸いです。

(無題) 削除/引用
No.1670-6 - 2008/07/30 (水) 20:23:49 - ドナドナ
私の場合、グリセロールストックから出発しても何度か痛いめを見たことがあるので、毎回新たに形質転換し直しています。発現させようとするタンパク質によりけりなのだとは思いますが。

(無題) 削除/引用
No.1670-5 - 2008/07/30 (水) 19:23:52 - EcoRI
>プレート上の形質転換体を4℃に取っておいて後日使うというようなことは、発現量がバラつく原因なので避けるべきです。
了解しました。

参考までにお伺いしましが、ドナドナ様はどのように菌を維持しておられまか?
形質転換して出て来たコロニーは発現を誘導しつつ、グリセロールストックとしているのでしょうか?

(無題) 削除/引用
No.1670-4 - 2008/07/30 (水) 19:21:00 - ドナドナ
大腸菌の発現系だという前提ですが、コロニー毎のバラツキは良く経験します。遺伝的変異にしては頻度が高すぎるので、プラスミドのコピー数がぶれるせいかなと思っています。また、プレート上の形質転換体を4℃に取っておいて後日使うというようなことは、発現量がバラつく原因なので避けるべきです。

(無題) 削除/引用
No.1670-3 - 2008/07/30 (水) 19:20:53 - EcoRI
あ、書き忘れてました、申し訳ないです。
そうです、おっしゃる通り、大腸菌です。

(無題) 削除/引用
No.1670-2 - 2008/07/30 (水) 19:14:39 - A
おそらくそうだと思いますが念のため。
発現系は大腸菌ですよね?

同一クローン由来のクローンで発現量が違う? 削除/引用
No.1670-1 - 2008/07/30 (水) 17:36:27 - EcoRI
お世話になっております。

現在、組換えタンパク質を精製しています。
1つの形質転換体を培養して、選択培地に撒いて得られたクローン毎(理論上、差異はないはず)
の組換えタンパク質の生産量が異なる、
ということはあり得ることなのでしょうか?

同じクローン由来だから、ということで、別の日に別のクローンから組換え体を精製したところ、
収量に5倍程度の差が認められましたので、
少し気になった次第です。

もちろん、濁度を完全に合わせることは困難なので、直接的な比較はできない、と思います。
しかし、ある範囲内に収めることができれば、それほど発現量に差はないと考えます。


収量が低くても、培養を繰り返せばいいので、さほど問題ではないですが。
ちなみに、当ラボでは、培養スケールは 1 L が限界です。

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