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RNAの溶解方法 トピック削除
No.1550-TOPIC - 2008/07/12 (土) 13:34:16 - おお
しばし、RNAが溶けないと言うことの相談がupされますが、その関連でフォルムアミドによる溶解が話題に上ります。で私もオリジナルを調べてみました。というのもRTなどの反応でキャリーオーバーの許容範囲が分かっているのかというところに興味がありましたので。
しかしながら、オリジナルにはそのことに触れていませんでしたので、ここにトピ立ち上げました。
フォルムアミドをお使いのみなさんはRTなどの反応に持っていくとき、エタチンなどせず直接使ったことがありますか?その時の許容範囲はどの程度か調べられたことはありますでしょうか。
DMFなどに溶解という方もいらっしゃったと思いますが、フォルムアミドい外で同様な情報があればそういうのも書き込んでいただければうれしく思います。

(APサンへのちょくの質問みたいな気がします、、、)
 
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(無題) 削除/引用
No.1550-3 - 2008/07/13 (日) 04:23:15 - おお
>[Re:2] APさんは書きました :
> まずはじめにexcuseですが、

ありがとうございます。RTはかかるにしても5%では幾らか影響があるようですね。
5%より少なくすると影響も少なくはなるでしょうが、、少し考えて見たいと思います。

ほかの方の意見もお待ちしています。
50%フォルムアミドとか使っている方とかいないでしょうか?

(無題) 削除/引用
No.1550-2 - 2008/07/12 (土) 21:51:46 - AP
まずはじめにexcuseですが、あたらめて調べてみたところ、RNAのformamide溶液を直接酵素反応に使ってOKというのは、最近では支持されていないようです。 モレクロの記載(RT-PCRにそのまま使えます、、、)や、RNA溶解用として販売されていたformamideが、かつて5%までは影響がないとうたっていた(後述)のを信じていたのですが。

RNAはformaideに4 ug/ulまで溶けるので、1 ugを20 uLシステムで逆転写反応するとして、終濃度でformamide 1%強なら大丈夫だろうと思って、そうやってきました。こうしてRT-PCRをしてみると、私がやってみた限りPCR産物は得られていましたので、それで良しとしていました。しかし、formamideを抜いたものと並べて比較したことはないので、効率が下がっている可能性を否定できません。

実際、市販のRNA溶解用formamideが5%までRTがOKだというのは信用できないと言う論文まで出て、いまではメーカーでもその記述を取り下げているようです。
(注 PDF DL)http://www.gmo-qpcr-analysis.com/swinson-formazol-2005.pdf

RT-PCRの効率が下がってもいいという用途以外では、アルコール沈殿でformamideを置換したほうが良いようです。

RNAの溶解方法 削除/引用
No.1550-1 - 2008/07/12 (土) 13:34:16 - おお
しばし、RNAが溶けないと言うことの相談がupされますが、その関連でフォルムアミドによる溶解が話題に上ります。で私もオリジナルを調べてみました。というのもRTなどの反応でキャリーオーバーの許容範囲が分かっているのかというところに興味がありましたので。
しかしながら、オリジナルにはそのことに触れていませんでしたので、ここにトピ立ち上げました。
フォルムアミドをお使いのみなさんはRTなどの反応に持っていくとき、エタチンなどせず直接使ったことがありますか?その時の許容範囲はどの程度か調べられたことはありますでしょうか。
DMFなどに溶解という方もいらっしゃったと思いますが、フォルムアミドい外で同様な情報があればそういうのも書き込んでいただければうれしく思います。

(APサンへのちょくの質問みたいな気がします、、、)

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