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(無題) 削除/引用 No.1534-7 - 2008/07/11 (金) 15:38:20 - 別の通りすがり > ところで、“independent”と一言で言いますが、independentとはどこまでを要求されるのか？とたまに疑問に思います。 > 単に同じaliquotからの試薬、同じ細胞でも時間さえ変えればindependentなのか？ それとも、例えば安定発現株を使ってるとすれば、もう一度最初から別の安定発現株を作り直して同じ結果が得られて初めてindependentなのか？ 単純に実験する日が違えば"independent"でいいんじゃないでしょうか（駄目かな？）。 > スタートの材料が同じですから最初からdependentです、、 こういう"dependent"って使い方しますかね？初耳です。

(無題) 削除/引用 No.1534-6 - 2008/07/11 (金) 13:19:54 - yt 通りすがりさんに賛成です。 　 手技の都合上の問題で測定値にばらつきが出る可能性があって、その影響を除外したい場合に1回の実験でquadruplicateなりpentuplicateなりして統計的処理で「有意差」を証明して、それを何回か繰り返して「再現性」を証明するというのはよく見られる手法ですよね。 「quadruplicateの実験を3回繰り返して全て同様の結果が得られた、代表的な結果を提示する」でn=4というのはよくあると思います。 　 毎回毎回似通った値が出る検査法なら兎も角、ウェスタンブロットのようにあまり定量性がよくないものの場合は異なる試行の結果を比べることが難しくなることもあると思います。 　 ところで、“independent”と一言で言いますが、independentとはどこまでを要求されるのか？とたまに疑問に思います。 単に同じaliquotからの試薬、同じ細胞でも時間さえ変えればindependentなのか？ それとも、例えば安定発現株を使ってるとすれば、もう一度最初から別の安定発現株を作り直して同じ結果が得られて初めてindependentなのか？

(無題) 削除/引用 No.1534-5 - 2008/07/11 (金) 09:29:47 - 通りすがり 統計的に言うならa)のケースでもn=3でしょう。 この場合は ・1wellあたりの細胞数 ・試薬Aの濃度 といったパラメーターの誤差の影響を統計的に排除していると考えられます。（n=3で、統計的に有意かどうか論じられない気もしますが…） b)に関しては、定量PCRの誤差を補正したいときのn=3がさらに付け加わっており、c)は時間、手による誤差を補正したいときのn=3がさらに付け加わる、と。 厳密に行う分にはc)が最もよいのかもしれませんが、実験によっては、細胞の状態などもろもろの条件からraw dataに数倍の差が生じるということもあるかもしれません。（例えば経時的に指数的に増加するパラメーターなど） その場合、c)で取ったn=3で統計処理をするのはむしろ好ましくないでしょう。 そういうものに関しては、a)またはb)で有意かどうかの検定を行い、時間や手を変えて再現性を見る（試薬Aのサンプル>vehicleのサンプルといった傾向が維持されているか）というのが良いのではないでしょうか。

(無題) 削除/引用 No.1534-4 - 2008/07/10 (木) 23:50:10 - ami > 培養細胞を前日に６穴シャーレ スタートの材料が同じですから最初からdependentです、、

(無題) 削除/引用 No.1534-3 - 2008/07/10 (木) 23:37:07 - 細胞生物学研究歴数年目 amiさんコメントありがとうございます。 逆にご教示いただきたいのですが，この実験系では「どこまでがindependent」で「どこまでがdependent」と捉えればよいのでしょうか？ あやふやなご質問で申し訳ありませんが，コメントよろしくお願い致します。

(無題) 削除/引用 No.1534-2 - 2008/07/10 (木) 23:13:31 - ami n=いくつという表示にこだわらないで下さい。 どこまでがindependentでどこまでがdependentなのかFigure Legendに書いてください。

統計の取り方について 削除/引用 No.1534-1 - 2008/07/10 (木) 22:54:12 - 細胞生物学研究歴数年目 お世話になります。先輩方の御意見をお聞かせ下さい。 先日私の研究室でのdata discussionでの話です。 後輩の大学院生がある実験で，培養細胞を前日に６穴シャーレに継代し， １．うち３穴に同じ濃度の薬品Aを添加，残り３穴はvehicle（溶媒のみ）で24時間培養 ２．上記細胞すべてのRNAを抽出しRT ３．RT後定量PCRを実施 しました。 ここで，彼は a）上記の定量PCRでcDNA（計6サンプル）をsingleで行い，結果（データはそれぞれのサンプルでA添加群3つ，vehicle 3つの計6つ）を示し両群をそれぞれ「n=3」として比較していました。 すると，別の先輩の先生が「これはn=3にはならない」と発言し，ちょっとした議論になりました。 その内容ですが，大部分は上のa）で良いのではないかという意見だったのですが， b）上の実験で定量PCRを行うときにそれぞれのサンプルをtriplicateで行ってその平均値をとる（結局はdataは両群3つずつになります）と「n=3」として扱えるのでは という意見もありました。 私はa），b）ともn=3にはならないと言う意見で， c）A添加群，vehicleをそれぞれ1穴に細胞を用意し，そこからRNA抽出，RTののちそれぞれのcDNAをtriplicateで定量PCRを行ったとき（結局はデータはそれぞれの群のtriplicateの平均値1つずつのみ）で「n=1」でこれを時間的にもしくは手を変えて別々に行うことにより「n」が増えていく という考えなのですが，a），b），c）のうち正しい意見はどれでしょうか？ それともすべて間違いでしょうか？ 御意見をお聞かせいただきたく思います。 よろしくお願い致します。

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