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(無題) 削除/引用 No.1530-10 - 2008/07/15 (火) 09:19:09 - 素人 水の蒸発、昇華、凝集で液量が変化・・・この辺が疑わしいと思いました。 液量が若干変化してるように思います。また別のラボの人に聞いたところ、DNAを抽出する組織自体が悪くなっている可能性も高いので、もともと分解されているものもあるかも。と言われました。 DNA抽出方法に問題はなさそうなので、保存方法に気をつけてみたいと思います。 返信ありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.1530-9 - 2008/07/14 (月) 17:55:42 - おお んPCRプロダクトでしょうか、、そうであればMgとかはいってますね。5mMぐらいのEDTAを加えておいた方が保存には無難かもしれません。

(無題) 削除/引用 No.1530-8 - 2008/07/14 (月) 17:53:45 - おお ボスはたまに10年前のプラスミドやプライマーをを-20度からヒョイとだしてきて、使えと人にわたしていますが問題なく使えているようです。たぶん少し薄めのTE(0.5xTEくらいかな)に溶けているのだと思います。

(無題) 削除/引用 No.1530-7 - 2008/07/13 (日) 11:26:22 - 水分子 水の蒸発、昇華、凝集で液量が変化しますが、その点は大丈夫ですか？ エッペンチューブでも完全密封ではありませんし、使用済みのPCRチューブだとふたがユルユルかと思います。

(無題) 削除/引用 No.1530-6 - 2008/07/12 (土) 22:34:03 - とも ３年前に採ったプラスミドをずっと4℃保存しても全く問題なく使えているので、よく使うプラスミドは４℃で保存しています。あまり使わないものは-20℃です。DNAの濃度がバラバラになってしますのはDNAの抽出方法がおかしいのでは？？

(無題) 削除/引用 No.1530-5 - 2008/07/11 (金) 12:09:01 - AP >DNAはPCRで取ったものです。保存液はkitの付属品ですが、おそらくTEに近いものだと思います。濃度は分光光度計で測定してます。サイズは１００bpで、使用ゲルの濃度は16％を使用してます。 どうもDNAが分解する理由があるようには見えないですし、本当に保存期間の長さに関連して起こっていることなのかもはっきりとはわかりませんが、もしかしたらという点を ・PCR産物は何かキットを使って精製したものでしょうか。PCR反応液のまま保存していたとしたら、ポリメラーゼのExonuclease活性で分解されているのかもしれません。短いDNAなのでその影響が顕著に現れたのかも。 ・電気泳動のサンプル調製はどのようにしているでしょうか。例えばPCR産物10 uLに10x Loading bufferを1 uLのようにでしょうか、あるいはPCR産物1 uLに1x loading bufferを10 uLのようにでしょうか。 後者の場合、10x loading bufferを水で希釈して1x loading bufferとしてしまうと、バッファー能がなく、BPBがpHをかなり下げるので、移動度がおかしくなったり、DNAが変性してしまったりします。短いDNAなので完全に一本鎖に変性してしてしまうかもしれませんし、そうなるとバンドがボケボケあるいはほとんど見えなくなってしまうかもしれません。 泳動サンプルの希釈はTEやTAEなどで希釈しなければなりません。

すみません。 削除/引用 No.1530-4 - 2008/07/11 (金) 11:28:48 - 素人 素人なもので、全然書き込みがなってなかったですね・・・。 DNAはPCRで取ったものです。保存液はkitの付属品ですが、おそらくTEに近いものだと思います。濃度は分光光度計で測定してます。サイズは１００bpで、使用ゲルの濃度は16％を使用してます。 DNA抽出後、数日以内で電気泳動すると、バンドは一応出ます。 濃度測定がきちんとできてなかったんですかね。。。 でも、保存は−２０でいいみたいですね。 次回から抽出するDNAに変化がないことを期待したいと思います。

(無題) 削除/引用 No.1530-3 - 2008/07/10 (木) 16:38:03 - AP 一般的には、凍結保存で分解することはないですし、適切に調製されたものであれば冷蔵でも、室温でもそうそう分解しないものです。 なにか特別な事情がありそうですが、もう少し情報がほしいですね。 一口にDNAと言っても、いろいろあるわけで、 生物から精製したものか、PCRで取ったのか、プラスミドかなにかにクローニングしたものか、合成したものか、などなど 溶媒はなにか、濃度は、サイズは（アクリルアミドで泳動するというからには非常に低分子？）

(無題) 削除/引用 No.1530-2 - 2008/07/10 (木) 16:36:23 - ats 何のDNAでしょうか。plasmid、genomic DNA、PCR product、合成DNA？ 抽出法は？保存溶液は、TE(10mM TrisHCl,1mM EDTA,pH8)でしょうか？ DNA濃度はどのように測定したのでしょうか？OD？電気泳動？ 情報が少なすぎます。 DNAがNucleotideまで分解されてもODには変化ありませんので、増えたというのは？？ DNAは化学的には中性で非常に安定な分子です。 TEに溶解してある精製plasmidは、4℃で半年くらいたっても電気泳動パターンに変化はありませんでした。またTEに溶解してある精製genomic DNAは、4℃で2年くらいたっても電気泳動パターンに変化はありませんでした。 しかしNucleaseは抽出元やそこら中（皮膚・空気中に埃など）にありますので、精製する、その混入を防ぐ、混入しても働きにくくする（EDTAの添加など）の対策が必要です。

DNAの保存期間 削除/引用 No.1530-1 - 2008/07/10 (木) 15:58:50 - 素人 データの台帳を作りなおすために、資料を作成しているのですが、いい写真がなく、電気泳動をやり直すことになってしまいました。 ポリアクリルアミドゲルで電気泳動したところ、DNAが古いものは全くバンドが出ず、新しい（先月あたりのもの）は、マチマチでした。 そこで、DNA濃度を測りなおしたところ、濃度が半分くらい薄くなったり、逆に倍に濃くなったりと、結果がバラバラでした。 抽出したのは半年前〜先月で、すべて−２０度で管理してます。 DNAは抽出してから、−８０度で保存したほうがいいのでしょうか？ もしくは実験のたびにDNAを抽出するものなのでしょうか？

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