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解決しました 削除/引用 No.1486-8 - 2008/07/05 (土) 22:45:45 - morning すいません。PC上でアラインするさいに私がちょっと勘違いをしていたようです。やりなおすとちゃんとあってました。お騒がせして、まことにもうしわけありませんでした。

(無題) 削除/引用 No.1486-7 - 2008/07/05 (土) 15:25:51 - おお http://www.ensembl.org/Mus_musculus/index.html ここは見た? NCBIのデーターのアセンブリーですが、、、、 細胞とかからDNA取った方がいいかもね。

(無題) 削除/引用 No.1486-6 - 2008/07/04 (金) 17:52:40 - morning どちらかといえば下流（3'側）に10bp以上合わない部分があります。一箇所でなく数箇所存在しています。比較したのはプロモーターの配列です。BAC cloneそのものの配列は読んでいません。シークエンスの波形は充分な信頼度です。PCRに問題があるんでしょうか？いくらなんでもこんなにおかしくなるとは思えないんですが、、、BACのほうも読んでみようと思います。

(無題) 削除/引用 No.1486-5 - 2008/07/04 (金) 14:54:35 - Pumpkin 違う生物種のプロモーター解析を行うということで、第一エクソンから5'上流をゲノムライブラリーからクローニングしていました。ほどなくして、あるグループがESTデータを公開し始めて、アライメントしてみましたがATG少し上流から全く合わないことがありました。このときは、データベースの方がベクター配列を含んだまま、たまたまそのESTを公開してしまっていたということがありました。 10bpかそれ以上と、ご自身の結果にしては曖昧な表記ですが、~さんがおっしゃるようにPCR上もしくはシークエンス解析上の問題ということはないですか。

(無題) 削除/引用 No.1486-4 - 2008/07/04 (金) 10:16:01 - ~ >NCBIのデータと結構違うところがあります 比較したのはBACの配列なのですか？それともプロモーターの配列なのですか？ BACの配列だとすると、PCRではなく適当な酵素で切り出しても同じ配列なのですか？ >10bpかそれ以上ですね。 位置の情報も質問されているのに答えていませんね。 PCR産物は何クローン読んだのですか？ シークエンスの波形は、十分信用できるパターンだったのですか？ C57BL/6Jの尻尾から増やした場合は、どちらの配列になるのですか？

(無題) 削除/引用 No.1486-3 - 2008/07/04 (金) 09:46:29 - morning >1塩基置換とかでなく1.5kbの領域にわたって数ntくらいづつ違う配列が散見されるということですか。 10bpかそれ以上ですね。

(無題) 削除/引用 No.1486-2 - 2008/07/03 (木) 22:03:44 - Pumpkin 結構といのは、1塩基置換とかでなく1.5kbの領域にわたって数ntくらいづつ違う配列が散見されるということですか。

プロモーター取得 削除/引用 No.1486-1 - 2008/07/03 (木) 20:40:45 - morning マウスのプロモーター領域（1.5kb)をPCRにより取得し、ベクターに組み込みシークエンスを確認したところ、NCBIのデータと結構違うところがあります。品種はPCRのテンプレート（Bac clone)およびNCBIのデータのいずれもC57BL/6Jです。何故なんでしょうか？同じ品種とはいっても実際にはこんなものなんでしょうか？

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