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(無題) 削除/引用 No.1432-5 - 2008/06/30 (月) 19:14:04 - type2 おおさん、ありがとうございます。 >[Re:4] おおさんは書きました : > 具体的なこと示すのが難しいですが、一度その配列に含まれる既知の転写因子のコンセンサスを調べておけばストラテジーが立てやすいかもしれません。 可能性がありそうな転写因子の結合部位に変異を入れて実験しています。これでうまくいけばよいのですが。 もし、新規のものであれば、この方法では同定できないだろうと考えています。そこで、酵母ワンハイブリッドを考えているのですが、どのくらいまで短くすればよいのかと思いまして。

(無題) 削除/引用 No.1432-4 - 2008/06/27 (金) 15:32:35 - おお >[Re:3] type2さんは書きました : > DNAが長くなるほど、偽の転写因子を拾いやすくなるのかと予想できるのです >が、実際はどうなんでしょうか？ 確かにこれは考慮しないといけないですね。転写因子のコンセンサス配列は普通10bpsもありませんから(例外はあるようですが)その配列がカバーされていたらよいと考えると20bpsぐらいというのは理にかなった数字かもしれません。ただ、転写因子のコンセンサス配列周辺の配列は全く転写に関係ないとはいえないということを示唆しているデーターもあるようです。コファクターなのか、DNA構造的なものなのか、ヒストンの結合性やスペーシングなどのコントロールなのかと、推測するときりがありません。 ゲルシフトなどで解析をすでにしているのなら、20bpsぐらいでポジと出ているならそれで良いかもしれません。長いと考えるなら、ゲルシフトで最小限の配列を抽出するのも可能かと思います。プロモーター(エンハンサー)アッセイでも同様なことができますね。 具体的なこと示すのが難しいですが、一度その配列に含まれる既知の転写因子のコンセンサスを調べておけばストラテジーが立てやすいかもしれません。

(無題) 削除/引用 No.1432-3 - 2008/06/27 (金) 12:58:15 - type2 おおさん、コメントありがとうございます。 転写因子をbaitにして、DNAフラグメントをスクリーニングするのなら、DNAの長さはあまり重要ではなさそうですね。 私と同じような実験をしている文献を当たってみたのですが、やはり20bpくらいでした。DNAが長くなるほど、偽の転写因子を拾いやすくなるのかと予想できるのですが、実際はどうなんでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.1432-2 - 2008/06/26 (木) 13:58:47 - おお 中村 祐輔らが、イーストワンハイブリッドをもちいて、p53のターゲット遺伝子のプロモーターを見つけるという仕事をしていたと思います。タンパクをベイトにして人ゲノムのフラグメントをレポーターの上流に入れてスクリーニングしたというものだったと思います。 たぶん200-300bpsよりは長いと思いますが、１度文献を当たって見れはどうでしょうか。

酵母ワンハイブリッド法について 削除/引用 No.1432-1 - 2008/06/26 (木) 13:22:34 - type2 こんにちは。現在、ある遺伝子を制御する転写因子の同定を試みています。 そこで、酵母ワンハイブリッド法についてお尋ねします。 おとりとなるDNA配列(bait)は通常20bp以下の配列を複数回反復させて使用するらしいのですが、baitは最長でどのくらいまで可能なのでしょうか？200bp、300bpでは真の転写因子同定は難しいのでしょうか？ ご存知の方がいらっしゃいましたら、ぜひ教えてください。

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