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SDS-PAGEでマーカーの流れ方がおかしい? トピック削除
No.1412-TOPIC - 2008/06/23 (月) 22:06:17 - 伊豆
10%ゲルを用いて、15mA及び30mAで泳動しています。

マーカーとしてBIORADのプレシジョンPlus DUAL スタンダードを使用していますが、マーカーの流れ方がおかしくてこまっています。


30kDa以上のマーカーは普通に流れているのですが、30kDa以下のマーカーとBPBのラインが同時に流れてしまい区別がつかなくなってしまいます。


また、心なしか30〜75kDa付近のマーカーもぼやけているような・・・・?

マーカーが駄目になってしまったのか、ゲルが悪いのか、泳動緩衝液が悪いのか・・・。


同じような経験をお持ちの方、対処方を知っている方、いましたらお助けくださいー。
 
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No.1412-15 - 2008/06/24 (火) 21:57:40 - ろぜ
自分も、作ってすぐのゲルで流したところバンドがぼんやりしました。

同僚のことを考えるとストックやマーカーには問題なさそうですね
1.ゲルを低温室で保湿してO/N静置したものをつかう
  ↑発熱によるゲルのへたれを予防
2.TEMEDをちょっと多くいれてみる
などできれいに流れるようになったことがあります。

・同僚の作ったゲルで自分が流させてもらう、作るタイムコースをマネする
・違う濃度のゲルで試す
などでぼんやりと原因がみえてくることもあります。
恥ずかしながらAB両液が混じっていてうまくいかなくなったこともあります。(ピペットを何度も使いまわし、うっかり間違えてA用をB用につっこんだことが原因)

他トピでWB関連質問させてもらってる素人ですが、原因がわかったら教えてください。

(無題) 削除/引用
No.1412-13 - 2008/06/24 (火) 21:55:15 - qq
まさか、Tris-Gly/SDSのところが、Tris-HCl-Gly/SDSなんてことはないですよね?

(無題) 削除/引用
No.1412-12 - 2008/06/24 (火) 21:25:49 - A
泳動バッファーやゲルにSDSが入っていてもへたっていると
バンドがぼやけたりすることもあります。粉から新しい
SDSを使ってみるのも手です。

(無題) 削除/引用
No.1412-11 - 2008/06/24 (火) 11:56:40 - 伊豆
皆さん色々と案を出してくれてありがとうございます。
ちょこちょこといろんなとこをチェックしてみようと思います。


進展があったら報告します。

(無題) 削除/引用
No.1412-10 - 2008/06/24 (火) 10:49:27 - AP
ゲルの分離性能が悪いのかもしれません。

>30kDa以下のマーカーとBPBのラインが同時に流れてしまい区別がつかなくなってしまいます。
>また、心なしか30〜75kDa付近のマーカーもぼやけているような・・・・?

低分子量の分離が悪いとか、バンドがぼやけるなどは、分子ふるいが適正に形成されていない可能性を示唆します。

まず、レシピを確認(ゲル濃度を間違って低すぎたりしませんよね)。
>ただ、Labの同僚が同じストックで問題なく泳動していたような・・・・。
アクリルアミドストック溶液は大丈夫そうですが(その方も同じマーカーを使っていて問題がなかったのなら、マーカーの問題でもないですね)。
アクリルアミドの劣化は分離能を悪くします。分解してくるとアクリル酸を生じてpHが下がるので、pHペーパーでチェックできます。

ゲルの固化時間は異常に長くなかったか? アクリルアミド、TEMEDやAPSの劣化、濃度の間違いなど、あるいは脱気不足の可能性があります。
ある程度、速やかに固化しないと分子ふるいの性能が悪くなるらしいです(逆に早すぎてもマトリックスが不均一になっていけないらしい)。

(無題) 削除/引用
No.1412-9 - 2008/06/24 (火) 09:24:49 - L
ゲルがSDSを含んでいるかどうかは関係ないでしょう
陽極側に引かれてDSイオンが陰極側からどんどん補給されますから

アクリルアミドは光で分解されるらしいので、遮光冷蔵保存ですが、
そこはどうでしょうか?

(無題) 削除/引用
No.1412-8 - 2008/06/23 (月) 23:41:31 - それは
>ぁすいません僕が思ったのはゲルのSDSなしが影響しているかもということですBufferじゃないです

amiさん男やったんや…orz

(無題) 削除/引用
No.1412-7 - 2008/06/23 (月) 23:07:46 - 伊豆
自分も間違ってました。

うちのLabにはTris-clストックにSDSを添加していない、ということが言いたかったんです。



まぁ、ゲルを作成するときに10%SDSは加えているのであまり関係ないかと思われますが・・・。


もしかしたら加えている10%SDSが怪しいのかもしれませんね。




疑い出したらキリがなくなってきたw

(無題) 削除/引用
No.1412-6 - 2008/06/23 (月) 22:58:03 - ami
ぁすいません僕が思ったのはゲルのSDSなしが影響しているかもということですBufferじゃないです

(無題) 削除/引用
No.1412-5 - 2008/06/23 (月) 22:45:33 - 伊豆
さすがにSDS入ってると思うんですが・・・。

と、いっても実は最近作り直したとこなのでなんかおかしいかもしれないです。確認してみます。



アクリルアミドの%は確かに怪しいかもしれませんね。

ただ、Labの同僚が同じストックで問題なく泳動していたような・・・・。
謎です。



私のLabの組成では、ゲル自体にSDSを入れたりはしないんですが、そこらへんが悪影響ということは考えられませんか?

(無題) 削除/引用
No.1412-4 - 2008/06/23 (月) 22:44:50 - それは
amiさんが共感してくれた^^

(無題) 削除/引用
No.1412-3 - 2008/06/23 (月) 22:34:53 - ami
やっぱりSDS忘れが一番怪しい・・・
自作ゲルだとアクリルアミド%が狂っている可能性もあります

(無題) 削除/引用
No.1412-2 - 2008/06/23 (月) 22:09:09 - それは
電気泳動bufferにはちゃんとSDS入ってますか?
ぜひそこを確認してみてください。

10% gelで30kDaが分離できないとすると少し変ですね。

自分はSDSを入れ忘れ泳動していたことがあります。
変でした。

SDS-PAGEでマーカーの流れ方がおかしい? 削除/引用
No.1412-1 - 2008/06/23 (月) 22:06:17 - 伊豆
10%ゲルを用いて、15mA及び30mAで泳動しています。

マーカーとしてBIORADのプレシジョンPlus DUAL スタンダードを使用していますが、マーカーの流れ方がおかしくてこまっています。


30kDa以上のマーカーは普通に流れているのですが、30kDa以下のマーカーとBPBのラインが同時に流れてしまい区別がつかなくなってしまいます。


また、心なしか30〜75kDa付近のマーカーもぼやけているような・・・・?

マーカーが駄目になってしまったのか、ゲルが悪いのか、泳動緩衝液が悪いのか・・・。


同じような経験をお持ちの方、対処方を知っている方、いましたらお助けくださいー。

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