おそらく、
1.ゲルか電気泳動の問題
2.流しているDNA/RNAの性質か
3.EtBrか
4.サンプルの塩濃度
のどれかが適切でないのが原因です。
2~4は結構、理論的にややこしくてうまく説明できないので
たぶん一番多い原因だろうと考えられる、1だけ書いときます。
厚くて高さがあるゲルだとウエルにアプライしたときに
真横から見てゲルの天井側と底辺側では熱の発散の具合が異なるため
サンプルの移動度が異なり、結果幅の広いバンドのように
見かけ上なってしまうときがあります。
または薄くてもウエルの幅が狭いときは
loadingしたサンプル量がウエル幅の広いものと等量流しても
高さができてしまうため同様に幅の広いバンドになってしまうことがあります。
ゲルの厚みをなるべく薄くしたり、
熱をださないために低電流などでゆっくり流す
あるいは流すサンプルのvolumeを少なくしたりすると
綺麗でシャープな風に流れることが多いです。
>寒天が途中でくびれた様
おそらく上の問題点も含めてですが
ゲルを作るトレイにアガロースを流して固める際に
うまく均一に平面状に流れていないのと均等にアガロースがTBEなどに
溶けておらず、一部が先に固まりゲル全体で濃度にムラができるているか
などが原因かもしれません。 |
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