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(無題) 削除/引用 No.1406-6 - 2008/06/23 (月) 15:36:43 - メタボリック コード領域である可能性をスコア化するアルゴリズムは、配列のランダムさからのズレに３文字毎の周期性があるかどうかで判断するものと、その生物のコドンバイアスも考慮に入れるものがあったと思いますが、いずれもここで質問されているような、1stか2ndか3rdかどのATGが開始コドンかを判断するような場合にはあまり有効だとは思われません。 10年以上前にゲノム配列が決まった酵母でさえ、未だにコード領域の見直しがあるようです。配列のみから確信を持って開始コドンを判断できるようになるには、まだしばらく時間が掛かるのではないでしょうか。

(無題) 削除/引用 No.1406-5 - 2008/06/23 (月) 14:26:22 - ~ p53は2箇所のメチオニンから翻訳が始まっていますので(メインの翻訳開始点はありますが)、 目的の遺伝子も1箇所からしか翻訳されないかは分かりませんね。

(無題) 削除/引用 No.1406-4 - 2008/06/23 (月) 13:22:23 - AP タンパク質をコードしているORFを推定する方法はかなり昔からあって、 Fikett（スペル自信なし）のアルゴリズムなんかは遺伝子解析ソフトGenetyxに組み込まれていたりします。スコアがネガティブなORFが翻訳される可能性はゼロと考えていいです（ポジティブなORFではスコアが一番高いのがホンモノとは限らないようですが）。それよりだいぶ時代を経ていますから、いまではもっといろんな方法があるとは思います。いろいろなPhylaのモデル生物のゲノム解読が出来ていて、生物によって遺伝子の種類はそれほど違わないので、homologyベースでの予測というのも説得力があるでしょう。 >プロモーター下流にメチオニンが複数あり、どれが本当のスタートなのかわからないなど Kozakなどのコンセンサス配列である程度は予想できます。 まあ、開始コドンには絶対にあり得ないのをはじくことは出来ても、それ以外の中でどれが本当の開始コドンかは、タンパク質をとって調べないと決定的なことはいえないでしょうが。

(無題) 削除/引用 No.1406-3 - 2008/06/23 (月) 13:16:58 - おお 私は実験結果をみないと、最後までかんぐりますね。そういう意味でバイオインフォーマティクス、ゲノムプロジェクトのおかげでcDNAがポンポンでてきて、なんかちょっと不安になりますね。 スタートのメチオニンの候補が2つい上ある場合、バイオインフォーマティクス的にはどうなのかは私はコメントするほど知識はありません。多分ある程度予測はつくのだろうと思いますが、どの程度当たっているのかとかわかりませんし。 実験的なアプローチとしては、その配列の最初のメチオニンを削って何かの発現ベクターにいれて発現させてもタンパクが合成されるとか、最初のメチオニンを削ってmRNAをつくりレティキュロサイトライセートでタンパク合成が起こるかなど見ることがあります。結果として両方からタンパクが合成されうるという可能性を指摘しているものもあります。 もしかしたら同じmRNA上から2種類のフレームで読まれるのに見過ごされている例もあるかもしれませんね。ウイルスはそういうのがあるのかもしれませんが。

(無題) 削除/引用 No.1406-2 - 2008/06/23 (月) 11:41:32 - メタボリック 揚げ足を取るようで申しわけありませんが、ストップコドンが無ければ、その部分がタンパク質をコードしてようがしていなかろうが、それはORFです。 お訪ねの、どうやってコード領域を決めるかという問題ですが、配列のみから決めるのは難しいでしょうね。他種のホモログのcDNA配列で、ORFのうち保存されていない領域はコード領域でない可能性が高いと推測ができるというくらいでしょうか。

新規遺伝子のORFの決め方 削除/引用 No.1406-1 - 2008/06/23 (月) 07:51:05 - sk いつも参考にさせていただいています。 非常に初歩的な質問なのですが、新規遺伝子においてORFはどうやって決めるのでしょうか。ある程度予測できるのはわかっているのですが、本当に予測したORFが正しいのかどうか興味があります。例えば、プロモーター下流にメチオニンが複数あり、どれが本当のスタートなのかわからないなど。Mass解析などなしで、配列だけで決めることはできるのでしょうか。

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