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(無題) 削除/引用 No.1376-20 - 2008/06/23 (月) 13:00:38 - 統計処理 http://oshiete1.goo.ne.jp/qa2688579.html どのような統計処理をするのでしょうか？ ある程度の情報がないと、適切なお答えができないですよ！

(無題) 削除/引用 No.1376-19 - 2008/06/22 (日) 15:15:34 - Caspase 私もUCさんの意見に近いですね。 その論文にとって重要なデータであれば、それがウエスタンであるかどうかに限らず、一つのアッセイだけではなくて幾つかのアプローチを行って妥当性を評価するべきだと思います。 個人的にはウエスタンに"ある程度の"定量性はあると思いますが、如何せん結果を得るまでにいろいろなファクターがあるので、微妙な差まで評価することはできない。"目でみて微妙な差を表現する事を目的"としてデンシドで測るのは好ましくない。私ならやらない。と思います。 また、今回の件について、これはかりにそのデータが論文にとってあまり重要性が高くない(主題から少し離れている、或いは他の論文の再現性をみるなど)のデータであった場合ですが、 >目で見て処理群のほうがどれも3~4倍くらい濃いです。 と言う結果を得られているのであれば、思い切ってその三回の結果を合わせて一つの図として図示してしまってはどうでしょうか？ 例えば一枚のメンブレンに三回のサンプルをそれぞれ並べてアプライして示すということです。このほうがデンシドで測ってグラフにするよりよっぽど説得力があると思いますよ。

(無題) 削除/引用 No.1376-18 - 2008/06/20 (金) 22:34:23 - けい > ２群の平均値の差に有意差があるかないか比べる時、各々の群のn数は最低いくつ以上ないといけないのでしょうか。 統計のテキストや参考書などに書かれていることですが，２群の平均値の差をd，有意水準を0.05，検出力を0.8とすると両群の標準偏差をsと等しいと仮定したとき，有意差を得るために必要なn数はおよそ15.7x(s/d)^2で見積もることができます．詳しいことはご自身で調べてください． では，統計の初心者さんの場合はどうかということですが，公開されている情報からだけでは判断できないことは理解していただけるでしょうか．

(無題) 削除/引用 No.1376-17 - 2008/06/20 (金) 19:08:16 - sea これまで話にあがっていないので、以前からの話題の焼き直しかも しれませんが検定方法の選択についても指摘しておきたいと思います。 パラメトリック検定を前提とされているのならば、 見ている実験データのばらつきが正規分布に従うかどうかは どのように評価されるのでしょうか？ そのために必要なnはいくつくらいでしょうか？ 私はあえてnの数に言及しませんが:P そのように考えると少ないnでウェスタンの結果をt-testで検定して、 というのは多分本当の意味での統計的な解釈からは かなり甘い検定なんじゃないか、と思っています。 とはいえ、多くの実験が、データのばらつきが正規分布していることを 前提にパラメトリック検定を採用し、それが論文として きちんとacceptされているのをいいことに その甘さに妥協している一人が私である、というスタンス なのですが。:P ところで、WBの定量性、ということも話題になっていますが 私は定量性がある、というのは「量を測定できる」という ことと同義だと思います。 なので、異なる２群間でバンドの濃度をデンシトで比較して 統計を取ることは可能だと思いますが、 見ているsignal intensityと濃度との間にlinearityが 確認されていなければ「定量」とはいいにくいん じゃないか、と思います。 この辺は多分「t」さん「おお」さん「Y」さんが指摘されたことと 近いスタンスだと思います。

(無題) 削除/引用 No.1376-16 - 2008/06/20 (金) 12:22:58 - おお >[Re:15] とうさんは書きました : > >２群の平均値の差に有意差があるかないか比べる時、各々の群のn数は最低いくつ以上 > 原則n=4以上です。三では駄目でしょう。意味のあるデータにするように、工夫をお進めします。 > 安易な質問と未熟な説明部足の回答にお怒りを感じているようですが、もっともだとも思います。 4以上をOKとするという主張ですが、質問者やこの板を見る人のために、それを支持する根拠を加えてやってください。何でも3はだめで4だといいと思って4でやるような人を増やしたくないですし。

(無題) 削除/引用 No.1376-15 - 2008/06/20 (金) 09:33:57 - とう >２群の平均値の差に有意差があるかないか比べる時、各々の群のn数は最低いくつ以上 原則n=4以上です。三では駄目でしょう。意味のあるデータにするように、工夫をお進めします。 >ウエスタンブロッティングのシグナル強度の比較 定量性があるかないか？どちらでもありません。 数値で遊ぶなら、ありと答えます。出し方は、既出ですので注意点を守ればですが。 また、意味を求めると、価値を見いだせません。 定量性など、無いに等しい。定量する事に意味がなく、出させる事すら無意味とも言えます。 実験を良く鑑み、判断するべき事です。 統計は、数式に当てはめれば数値は出ます。 ウエスタンも、いくらでも数値は出ます。 判断すべき事は、そう言う事ではないと思います。

(無題) 削除/引用 No.1376-14 - 2008/06/20 (金) 05:35:33 - Y ECLなどのように酵素反応でシグナルを出す場合、定量性のあるダイナミックレンジはとても狭いです（感覚的には１０〜数十倍）。一方、蛍光conjugate２次抗体を使ってバンドの蛍光強度をはかるようにすれば、感度は悪くなりますが、多少はダイナミックレンジが大きくなります。そういったダイナミックレンジ範囲に収まっていれば定量しても良いかと思います。 質問者さんの場合、好みの問題でしょうが、再現性がとれれば定量・統計処理する必要はないような気もします。

(無題) 削除/引用 No.1376-12 - 2008/06/20 (金) 04:15:34 - おお ウエスタンは定量が"できる"と私は申し上げておきます。 ただ、バンドが(きっと綺麗に)でて実験比較でそのインテンシティーに差がでても、そのバンドをデンシドで測っても、定量したという意味では疑問が残ります。ほんとに定量できる条件でみているか、インテンシティーと量の関係に直線があるのか、ないとしたらならスタンダードでフィットする曲線を書いて支障ないのかという事をみてから、定量性を言うべきです。例えば5秒のフィルムのコンタクトと30秒のフィルムのコンタクトで2つのバンドの濃さの比が全然違うことがあります。CCDカメラを使っていればかなり改善されると思います。CCDかフィルムかという点でもここの議論で発言者おのおの頭にある物が違うかもしれませんね。 一度ここでも議論がありましたが、ウエスタンのバンドをデンシドなどで測れという事に、再現性、ばらつきなどを図に盛り込めという意図がある場合があります。ですからこの場合は、タンパク量の定量ではなく、バンドインテンシティーを見ていると言うことで処理して優位に変化があるという示し方をすればいいのだと思います。 n=3の動物実験ということですが、読む人がその実験に関してどれくらいのばらつきかたを想像するかによって違ってくると思います。例えばトランスジェニックマウスとWTを比べる時は、何か薬剤投与とかよりばらつきが少ないと感じるかもしれません。同様な実験をしている人がレビューアーでこの実験はもっとバラつくよ、偶然じゃないかと思っていればそういう突込みが入るかもしれません。例えば、その実験の他のフェノタイプでn=3で十分見れそうだと言うのであれば、そう言うことなんだなぁという風に感じるように結果を書くと見る方も理解しやすいかと思います。

(無題) 削除/引用 No.1376-11 - 2008/06/20 (金) 01:22:34 - t 私もＷＢで定量性はあると思います。 ただ、ＷＢの場合はサチュッてる場合もあるのでその辺をうまくコントロールしなければいけないと思いますが。 定量性があるということで、論文投稿の際にＷＢのバンドをグラフにして要求されるともよくありました。 この辺のことは以前にも他の方から質問が出てたと思います。

(無題) 削除/引用 No.1376-10 - 2008/06/20 (金) 01:11:52 - りょう 動物３匹比較を１回行なっただけでしょうか？ 他の人が報告した既存のデータの再現性を見ただけなら、１回でも明らかな差があるなら「ああ、僕にも同じデータが取れた、メデタシめでたし、次のステップに進もう！」で良いでしょうが、今取得されたデータが初めての物なら、異なる日に調製したサンプルでも同じ結果になるという本当の意味での「再現性」をとるべきでは？ あと失礼ですが、無処理の方って空処理してますよね（溶媒だけ注射とか）。動物ってつかんだだけでもストレスで変動する蛋白ありますから。 今回話題にされているデータの位置づけ（全体のストーリーにおける）が本人にしか分からない事なので感覚でしか言えませんが、劇的な差があるようですから、論文に示す時でもrepresentative dataで一番綺麗な物を一枚出しておけば良いでしょう。internal controlのパネルを付けておけば定量も必要ないように思います。 追伸：「それは」さん清き一票ありがと。 endogenousを見るwesternとexogenous-tag付を見るwesternでは次元が違うという事も知らない人も多いですからね。周りを見渡しての感想ですがポスドクレベルでもマトモな研究者は1-２割いたら良い方でしょう。

Re: 削除/引用 No.1376-9 - 2008/06/20 (金) 00:59:33 - UC 　個人的には、「両群の間には目で見て分かるくらいの違いは見える」のであれば、その一枚の写真を見せればOKのような気がします。定量性に拘るのであれば、リアルタイムPCRでの定量を見せますね、自分なら。mRNAとその蛋白量が100%相関するわけではないですが、大抵は比例しますよね。 　＞westernは定量性あると思いますが・・・。 　＞Loadingを一定にしてinternal controlと比較すれば、 　＞差があるものは綺麗に出ます。 明らかに「差があるもの」に対するwesternでの定量性は否定はしませんが、逆に一目瞭然なものの統計を取ることに意味はあるのかなと。まぁ、ポリシーの違いと言えば、それまでですが。

(無題) 削除/引用 No.1376-8 - 2008/06/20 (金) 00:44:36 - それは りょうさんの意見に賛成です。 westernはセンスがない人がやれば汚いデータしか出せない！ まったくその通りだと思います。しっかり蛋白定量したらまず間違いなく、house keepingなcontrolはずれないでしょう。 うちのラボにもいます。 ものすっごく汚いバンドを出す人が。 そういうので定量性を議論してるんですもんショボイラボですよ。 縁のまあるい可愛いバンドを出してこそ、フィギュアとして出して欲しいものです。。

お礼 削除/引用 No.1376-7 - 2008/06/19 (木) 23:46:12 - 統計の初心者 みなさんありがとうございます。n=3とは動物３個体という意味です。無処理の３匹と処理した３匹ということです。目で見て処理群のほうがどれも3~4倍くらい濃いです。今回は、何倍まで増えたとかを言うのではなくてじゃなくて、応答して有意に増えますということを示せればいいのですが。論文とか見るとwesternで定量しているのは、みんながすごいいいという雑誌とかでも割とよく見かけるのでそれはシグナルがサチュレートするほどでない常識的な範囲ならばまあいいのかなと思うのですが、n=4〜7くらいやっているのが多いのでもしかしてn=3は統計的に認められてないのかなあと不安になりそれで聞きました。

(無題) 削除/引用 No.1376-6 - 2008/06/19 (木) 23:26:41 - りょう westernは定量性あると思いますが・・・。 Loadingを一定にしてinternal controlと比較すれば、差があるものは綺麗に出ます。 westernはセンスがない人がやれば汚いデータしか出せない、あるいは出るべきバンドすら出せないくらい蛋白比較において高等で絶対的な手法だと思います。 western舐めたらあきまへんで。 じゃあ蛋白発現レベルの比較は何でするの？ ELISA！！！っておっしゃる方がいるかもしれませんが、ELISAの方がサンプル間での誤差や手技的な誤差、測定日の違いによる差が大きくでるアッセイだと思います。 定量性は別にしても、バンドの濃さを数値化して統計処理してる人は確かにいますね。一目瞭然の差ならn=3でも文句言わないでしょうし、それと辻褄が合う相補的データがあればそれで良いでしょう。 逆に写真を見てイマイチ差がはっきりしないような差をｎ数増やして半ば強引に有意差ありと判定する人もいるでしょう。 まあ、やってる人が自信を持てる形でデータ作成すれば良いでしょう。異なる日に調製したサンプルで3回再現性が取れれば綺麗でしょう。同じ日に(同時に）3群比較したデータでは１回のデータです。

(無題) 削除/引用 No.1376-5 - 2008/06/19 (木) 23:07:18 - ｑ いやウエスタンが定量性に乏しいというのは一般的な話じゃないですかね

(無題) 削除/引用 No.1376-4 - 2008/06/19 (木) 22:56:31 - それは TK-1さん 定量性はないと言ってしまうのはウエスタン君の立場がないじゃないですか。。 ＞元々linearityに乏しく そうでしょうか。 house keepingなタンパクなににlinearityが乏しいと思えてしまうbandしか出せてないからじゃないんでしょうか？根拠のない奇抜な表現は慎まれた方が。。。

(無題) 削除/引用 No.1376-3 - 2008/06/19 (木) 22:13:01 - TK-1 元々linearityに乏しく，定量性にそれほど信頼性がないWesternのバンドの定量で統計処理をすることにどこまでの意味があるかは？

(無題) 削除/引用 No.1376-2 - 2008/06/19 (木) 22:06:02 - ami ３だと思います。

統計のこと教えて下さい 削除/引用 No.1376-1 - 2008/06/19 (木) 20:55:08 - 統計の初心者 ２群の平均値の差に有意差があるかないか比べる時、各々の群のn数は最低いくつ以上ないといけないのでしょうか。ウエスタンブロッティングのシグナル強度の比較なのですが検体が少なくて一群あたりn=3なのです。両群の間には目で見て分かるくらいの違いは見えるのですが。

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