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RNA吸光度測定でOD2以上についての疑問 トピック削除
No.1322-TOPIC - 2008/06/12 (木) 21:47:54 - RNA OD2<
はじめまして、実験初心者です。
疑問に感じたのでどうかご教授いただければ幸いです。

現在、cell lineからRNAをtrizolで回収後、OD260を測定し、RNAの濃度を測定しています。
いくつかのsampleを測定し、260/280 ratioが1.9とか1.8でうまく行っていたのですが、ごくまれにratioが2.1とかそれ以上を示し、ODの波形も260から280までのpeakが、200-220くらいのpeakの高さと同じくらいを示し、濃度もおかしな値をしめします。

ratioが1.6とかだとproteinsのコンタミが考えられますが、今回のように逆に2以上のratioを示す原因というのは何が考えられるのでしょうか?

ご存知の方がおられればご教示いただけないでしょうか。
宜しくお願い致します。
 
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Re: 削除/引用
No.1322-6 - 2008/07/11 (金) 16:54:19 - UC
TrizolでRNAを取ってますが、260/280 ratioは2前後で希にに2.1とかになります。2をちょっとだけ超えるのは良いんじゃないでしょうか。以下のスレッドも参考になるかも。
 http://www.protocol-online.org/biology-forums/posts/12659.html

あと、
Puissant C. et al. Biotechniques. 1990 Feb;8(2):148-9.
に比が2を超える理由とか対処法が書いてあるそうですが、今、確認出来る環境にいないです。

(無題) 削除/引用
No.1322-5 - 2008/07/11 (金) 15:33:45 - おお
>[Re:4] isaさんは書きました :
> 培養細胞がらISOGENでRNAを回収し、その濃度を吸光度計で測定しています。
>
> RNAペレットを水で溶解したあと、その一部をとり吸光度計で測定しています。
> 2年前くらいから同じようにやっているつもりが、最近どうしてもOD比(260/280)が1.6をきってしまいます。

TEなどで吸収を測ってください(もしそうでないなら)。安定したpHで測るためです。

RNAのOD比 削除/引用
No.1322-4 - 2008/07/11 (金) 14:34:53 - isa
培養細胞がらISOGENでRNAを回収し、その濃度を吸光度計で測定しています。

RNAペレットを水で溶解したあと、その一部をとり吸光度計で測定しています。
2年前くらいから同じようにやっているつもりが、最近どうしてもOD比(260/280)が1.6をきってしまいます。

変だなと思い、一旦RNAを-80度で凍結したあと、RT反応のために融解させたときにもう一度測定してみますと、今度はOD比が1.7くらいでよい状態になっているのです。毎回同じようなことが起こります。

何か原因として考えられるものはありませんでしょうか?

(無題) 削除/引用
No.1322-3 - 2008/06/13 (金) 01:03:25 - おお
タンパクでなくて何かほかのものが混じっているようですね。フェノールとか、アルコールとか、1度クロロフォルム抽出を行いエタチンしてみてはどうでしょうか。

すみません。 削除/引用
No.1322-2 - 2008/06/13 (金) 00:04:52 - RNA OD2<
申し訳ありません。タイトルが間違っておりました。
ODが2ではなく、ratioが2以上を示す場合についての疑問です。
どうか宜しくお願いします。

RNA吸光度測定でOD2以上についての疑問 削除/引用
No.1322-1 - 2008/06/12 (木) 21:47:54 - RNA OD2<
はじめまして、実験初心者です。
疑問に感じたのでどうかご教授いただければ幸いです。

現在、cell lineからRNAをtrizolで回収後、OD260を測定し、RNAの濃度を測定しています。
いくつかのsampleを測定し、260/280 ratioが1.9とか1.8でうまく行っていたのですが、ごくまれにratioが2.1とかそれ以上を示し、ODの波形も260から280までのpeakが、200-220くらいのpeakの高さと同じくらいを示し、濃度もおかしな値をしめします。

ratioが1.6とかだとproteinsのコンタミが考えられますが、今回のように逆に2以上のratioを示す原因というのは何が考えられるのでしょうか?

ご存知の方がおられればご教示いただけないでしょうか。
宜しくお願い致します。

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