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ホモロジー検索
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No.1271-TOPIC - 2008/06/06 (金) 04:42:15 -
homology
特定のいくつかの種間でホモロジー検索をしたいのですが
データベースの使い方がよくわかりません。
縦に相同性の高い配列を種ごとに並べて表示したいのですが
どうしたらいいでしょうか。
初心者でよくわからない次第です。
よろしくお願いします。
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No.1271-2 - 2008/06/06 (金) 07:43:14 -
おお
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=homologene
ホモロジーンはみられましたか?同じグループに属しているのなら、アライメントされているものがみれます。で必要なものだけとりだして(不必要な物をはずして)しまえばどうでしょうか。ここのアライメントをマルチプルアライメント表示ようのソフトに持っていけるかどうか分かりませんが、手動でも何とかなるのではと思います。
あとは配列をマルチプルアライメントにほりこむかですね。この場合はインプットする遺伝子の数でアウトプットの正確性が決まりますので多くの情報をインプットしておいて、必要なものだけ取り出すのがいいかと思います。
http://clustalw.ddbj.nig.ac.jp/top-j.html
clustalwとか有名です。
ホモロジー検索
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No.1271-1 - 2008/06/06 (金) 04:42:15 -
homology
特定のいくつかの種間でホモロジー検索をしたいのですが
データベースの使い方がよくわかりません。
縦に相同性の高い配列を種ごとに並べて表示したいのですが
どうしたらいいでしょうか。
初心者でよくわからない次第です。
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