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(無題) 削除/引用 No.126-4 - 2007/08/30 (木) 19:13:26 - raven T様 なるほど、Three-Hybrid Systemは、いい方法かもしれませんね。 いろいろと応用も効きそうですし。 この場合、RNAライブラリーを作製するところがポイントになってくるのでしょうか。 キットによっては、Two-HybridのキットでもThree-Hybridが可能らしいですね。 論文を参考にさせていただきます。 通りすがり様 そうなんです、仰る通り、結果がクリアーに出ないらしく、難しいと私も話に聞いたことがあります。 原理的には、それほど難しいという訳ではないようなのですが、IPでRNAをどれだけ得られるかが、問題なんですね。 また、マイクロアレイをやるとなると、それ相応の費用もかかるので、手を出しにくいところでもあります。安くはなってきてるんですけどね。 皆様、ご意見いただき、ありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.126-3 - 2007/08/30 (木) 07:35:48 - 通りすがり >例えば、抗A抗体で免疫沈降しRNAを落としてくる、その沈降物からRNAを抽出す >る、RT-PCRでcDNA合成、それをマイクロアレイへ、という流れを思いついたので >すが、マイクロアレイ以外の方法は何か無いかと考えています。 まさにこれ↓のことですね。 Identification of target mRNAs of regulatory RNA-binding proteins using mRNP immunopurification and microarrays Mayka Sanchez, Bruno Galy, Matthias W Hentze, Martina U Muckenthaler Nature Protocols 2, 1849 - 1861 (01 Aug 2007) やったこと有る人、知ってますが どうもIPの間にinhibitorなどを注意していても RNAがかなり分解されてしまうらしくbackgroundとほとんど差が出ず 難しい手法だとは聞いてます。

(無題) 削除/引用 No.126-2 - 2007/08/29 (水) 20:37:55 - Ｔ Three Hybrid 法はいかが？ 例えば下記の文献など。 Bernstein, DS, Buter, N, Stumpf, C, Wickens, M, Analyzing mRNA-protein complexes using a yeast three-hybrid system., Methods, 26, 2, 2002

RNAとタンパク質の相互作用を解析するには？ 削除/引用 No.126-1 - 2007/08/29 (水) 20:31:27 - raven このフォーラムには何度かお世話になっており、その度に貴重なご意見の数々を頂戴しています。今回も、皆様のお知恵を拝借したいと、質問させていただきます。 読んで字の如く、RNAとタンパク質の相互作用を解析したいのですが、どのような方法があるでしょうか？ もう少し詳しくいうと、あるRNA結合タンパク質Aが結合するRNA(mRNA)候補を探したい、ということなのです。どのようなRNAが結合するかが分かっていないので、網羅的に解析するとなるとマイクロアレイでしょうか？ 例えば、抗A抗体で免疫沈降しRNAを落としてくる、その沈降物からRNAを抽出する、RT-PCRでcDNA合成、それをマイクロアレイへ、という流れを思いついたのですが、マイクロアレイ以外の方法は何か無いかと考えています。 皆様のご意見をお待ちしております。

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