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(無題) 削除/引用 No.1245-7 - 2008/06/04 (水) 11:33:27 - AP >ATGのあとすぐにstop codonが来るという意味ですか？ まあ、そういうことなんですが。 同じ塩基配列でも取り得るフレームは3種類、そのなかで真のフレームは一種類（polycistronic gene、ウイルスや細菌など特殊な遺伝子は別として）、 そのフレームにあるATGが開始コドンになりうるけれど、必ずしも一番最初のがそうだとは限らない。untranslated regionにあったり、フレームに合わないATGは、いくら先頭に近くても開始コドンではあり得ないという、ごくあたりまえのことをいったまでです。 なお、protein codingなORFや開始コドン、あるいはsplicingをコンピュータで予測する手法はかなり進んでいて（詳しくは知りませんが）、ゲノム配列のannotationの多くもそれに依存しています。

(無題) 削除/引用 No.1245-6 - 2008/06/04 (水) 06:48:23 - beach >必ずしもそうとは限りません。ATGがあってもORFが続かない（out-of-frame）ようだと違うなと見当がつきます。 out-of-frameの正確な意味がわからないのですが、 ATGのあとすぐにstop codonが来るという意味ですか？

(無題) 削除/引用 No.1245-5 - 2008/06/04 (水) 01:46:52 - AP 当初の質問の答えは、single exon geneもあるということですが、 ＞Genomeの配列とcDNAの配列を比較すると cDNAの配列なのか、ゲノム配列から予測されたcdsなのかで多少見方は違ってくると思いますが、実際にcDNAが取られていてその配列だとして、 ＞私は登録されたデータベースを信じていましたが、開始コドンが上流にあると確かにまずいですね。 これは予想開始コドンを上流にさかのぼってORFが連続するか、そこに開始コドンになりうるATGがあるかどうかで見当がつくと思います。 ＞基本的には、プロモーターの下流にある最初のATGが開始コドンになるんですよね。 必ずしもそうとは限りません。ATGがあってもORFが続かない（out-of-frame）ようだと違うなと見当がつきます。in-frameに複数のATGがあった場合、あとの方のATGが開始コドンになっている場合もありますが、翻訳開始コンセンサス（Kozak配列など）から大きくはずれているのはたぶん違うだろうと予想できます。

(無題) 削除/引用 No.1245-4 - 2008/06/04 (水) 00:37:02 - beach レスありがとうございます。 >single exon のgeneはあります。 それで謎が解けました。 >複数のexonを有しますが、一つのexonにORFが収まっている遺伝子もあります。 いろんなパターンがあるのですね。 >データベースでは、複数のcDNA配列や5’側を決める別の実験データ・プロモーター予測などを総合して、mRNA配列としています。 私は登録されたデータベースを信じていましたが、開始コドンが上流にあると確かにまずいですね。 基本的には、プロモーターの下流にある最初のATGが開始コドンになるんですよね。

(無題) 削除/引用 No.1245-3 - 2008/06/03 (火) 10:54:47 - ats > 先日、全長600bp程度のある遺伝子をGenBankで調べてみたところ、Genomeの配列とcDNAの配列を比較すると開始コドンからストップコドンまでが一つのエクソンの中に含まれているようでした。 用語がゴチャゴチャになっていますね。 ゲノム配列＞mRNA配列＞Open Reading Frame(ORF):「開始コドンからストップコドンまで」 TK-1さんのお書きのように、intronがない遺伝子も複数あります。 また、複数のexonを有しますが、一つのexonにORFが収まっている遺伝子もあります。 質問とは関係ありませんが、注意してほしいのは、「cDNA配列」です。 これは実験で得られたもので、必ずしも成熟mRNAの配列とは限らず、（調製法によっては）intron配列が抜けていない未成熟mRNA由来の配列のものもあること、末端配列（とくに5’側）が欠けているものも多いことを考慮してください。もしかすると本当の開始コドンはもっと上流のexonにある可能性もあります。データベースでは、複数のcDNA配列や5’側を決める別の実験データ・プロモーター予測などを総合して、mRNA配列としています。未定なものは複数のcDNA配列を列挙しています。

(無題) 削除/引用 No.1245-2 - 2008/06/03 (火) 08:01:57 - TK-1 single exon のgeneはあります。

エクソンとcDNAの関係について 削除/引用 No.1245-1 - 2008/06/03 (火) 06:08:03 - beach 私が持ってる分子生物学の教科書には、真核生物の場合、離ればなれに存在している複数のエクソンがsplicingにより一つになって一つのmRNAができると書いてあります。 先日、全長600bp程度のある遺伝子をGenBankで調べてみたところ、Genomeの配列とcDNAの配列を比較すると開始コドンからストップコドンまでが一つのエクソンの中に含まれているようでした。私の調べ方がおかしいのか、哺乳類の遺伝子でもそういう例があるのか、どっちでしょうか？詳しいひとがいたら教えて下さい。

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