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ありがとうございました 削除/引用 No.1231-4 - 2008/07/19 (土) 23:24:57 - 基本的な質問ですみません おおさん、miuさん、 ご回答ありがとうございました。 ハウスキーピング蛋白質、遺伝子についての理解が不十分だったようです。 それぞれの実験ごとに最適な蛋白質を選ぶのがやはり基本なのですね。 闇雲にアクチンやGAPDHを選ぶのではなく、よく考えて実験をデザインしていこうと改めて思いました。 ご教授に感謝いたします。

(無題) 削除/引用 No.1231-3 - 2008/07/19 (土) 12:45:47 - miu actinやGAPDHは細胞内タンパク質に多く存在するタンパク質です。 actinは線維タンパク質であり、その他のタンパク質や小器官の保持に関与しています。 一方、GAPDHは糖からエネルギーを作る解糖系に関わる主要なタンパク質です。 一般に、これらのタンパク質は細胞に刺激やストレスを与えても比較的変動しにくいとされています。 そのため、ハウスキーピングタンパク質と呼ばれ、細胞刺激などによって変動するその他のタンパク質との対照として、補正目的で扱われることが多いです。 しかしながら、ハウスキーピングタンパク質もある条件下では、大きく発現量が変動してしまうため注意が必要です。 例えば、actinは細胞自殺(アポトーシス)を引き起こすような刺激では、その発現量が大きく減少してしまいます。これは、アポトーシスに関わるタンパク質(caspaseなど)によって、分解されてしまうからです。 また、GAPDHの場合、細胞が低酸素に陥るような刺激に対して発現量が著しく増加してしまいます。これはこのGAPDHがHIF-1という転写因子の制御下タンパク質であるためです。HIF-1は低酸素や鉄イオンの減少などにより、これが制御しているタンパク質の発現を増加させます。 つまり、自分の実験に適したハウスキーピングタンパク質を選択しないと補正目的では使用できませんね。

(無題) 削除/引用 No.1231-2 - 2008/06/01 (日) 04:58:16 - おお >[Re:1] 基本的質問ですみませんさんは書きました : > これをアクチンやGAPDHがアバンダンな蛋白質であるからという説明を > 受けてきました。 ハウスキーピング遺伝子と言うのがもっともらしい理由かと思います。 > 　しかし細胞の処理によってはアクチンやGAPDHの発現量が変動するということもある > はずで、厳密な意味での補正対象になるのだろうか、という疑問がわきました。 "厳密"な意味での補正対象 にはなりません。 > > 　そこで（基本的質問でお恥ずかしいのですが）おたずねしたいのは > > ーアクチンやGAPDHを補正対象として扱う理由 > ーこれらの蛋白質の発現量はぶれにくいのであろうか > 理由はこれらの蛋白質の発現量はほかの遺伝子よりは多分ぶれにくいだろう(ハウスキーピングなので)と言う事です。 組織、細胞、実験によってこれらの遺伝子のブレが指摘されることはあります。ですから、いつもGAPDHで良いという事でもないです。ひとつ言えることは完璧なインターナルコントロールを探すとすれば、皆無であると言うのが現状だと思います。きっとたいていの実験の示すところは、生理的な現象とその遺伝子(タンパク)の発現の関係であろうと思いますので、そういう全体でデーターを見ていくことになるかと思います。

アクチン、GAPDHの発現量 削除/引用 No.1231-1 - 2008/06/01 (日) 01:18:59 - 基本的質問ですみません 基本的質問ですみません。今まで何の疑問も持たずに実験をしていたのですが、 急に疑問がわきました。 ウェスタンブロッティングの際にアクチンやGAPDHを用いて補正（ノーマライゼーション） を行いますが、これをアクチンやGAPDHがアバンダンな蛋白質であるからという説明を 受けてきました。 　しかし細胞の処理によってはアクチンやGAPDHの発現量が変動するということもある はずで、厳密な意味での補正対象になるのだろうか、という疑問がわきました。 　そこで（基本的質問でお恥ずかしいのですが）おたずねしたいのは ーアクチンやGAPDHを補正対象として扱う理由 ーこれらの蛋白質の発現量はぶれにくいのであろうか の２点です。 　経験豊富な皆様のご教授に感謝いたします。よろしくお願いいたします。

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