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血管、脳(硬膜)に特異的な遺伝子 トピック削除
No.1220-TOPIC - 2008/05/29 (木) 20:27:09 - 塩基
いつもお世話になっております。
脳に隣接したある組織(吸収上皮をもつ組織)をターゲットにPCRなどを行っておりますが、RT-PCRの際にどうしても脳硬膜や周囲の静脈組織とのコンタミが問題になり、その点をレフェリーに指摘されます。

そこでコンタミがないことの実証のために血管や脳に特異的なものがあればそれを用いたPCRで、抽出したRNAにコンタミがないことを証明できると考えました。

どなたか静脈、もしくは脳特異的に発現するものをご存知の方がいればお教えください。
 
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No.1220-11 - 2008/06/02 (月) 21:44:28 - 塩基
すいませんVEGFのことが言いたかったのですが間違えてました。

(無題) 削除/引用
No.1220-10 - 2008/06/02 (月) 19:34:08 - 通りすがり
VE(Vascular Endothelial)-cadherin=血管内皮特異的じゃなかったでしたっけ?

(無題) 削除/引用
No.1220-9 - 2008/05/31 (土) 23:06:19 - 塩基
皆様、ご意見いただきまして大変ありがとうございます。

脳実質は可能な限り取り除いておりますが、対象組織の一部が脳硬膜に接しており、周囲にはS状静脈洞などがあります。脳のコンタミがあるとすれば大脳以外の部位と思います。

血管の接着因子でしたらTGF‐β(略語まちがっていたらすいません)などが適当でしょうか?

的外れでしたらすいません。

(無題) 削除/引用
No.1220-8 - 2008/05/31 (土) 17:40:58 - sea
見ている組織が血管系を一切含んでいなければ、静脈特異的な
ものじゃなくても血管内皮に共通のタンパクとかがありそうですよね。
それとも見ている組織に動脈は含まれているが静脈は含まれていない、
とか、動静脈系が共に含まれているので脳周囲静脈組織にだけ
特異的なタンパクが知りたいのでしょうか?

また、脳特異的に、といった場合にも、脳の特定の部分、特定の細胞に
特異的なタンパクを求めているのか、脳全体に発現しているけれど
脳神経細胞以外には出ていないタンパクであればいいのでしょうか?

その辺がいまいちわかりにくく、具体的なアドバイスが出にくいの
じゃないか、という気がしました。
専門じゃないですが、私だったら血管内皮細胞に発現している
接着分子とか、脳組織だったらシナプス関連のタンパクとかを
見てみようかな、とか思いつつ部位特異的マーカーについて
論文をあたってみると思いますが。

ただ、私自身は実はこれらの詳細な情報を提供されたところで
この手の質問については専門家から何か有益なアドバイスが
得られるか、というとちと懐疑的です。

--

ところで、一般的な疑問なのですが、硬膜ってのはいわゆる
基底膜みたいな、matrixによって形成される
ただの膜じゃなくて硬膜上皮細胞みたいな細胞構造を伴っている、
ということですか?それとも脳組織が硬膜と接着しているのですか?

「脳硬膜や周囲の静脈組織とのコンタミが・・」
ということですが、膜のコンタミなのであれば脳細胞に特異的な
マーカーでそのコンタミを否定するのは流れ的にちょっと疑問な
気がするのですが。たぶん単純に脳組織の夾雑が問題に
なっているんですよね?

(無題) 削除/引用
No.1220-7 - 2008/05/31 (土) 09:48:47 - おお
ちょっとご自身で確認して頂きたいのですが、tau、beta III Tubulin(Class III beta-tubulin)などは神経にかなり特異的かとおもいます。あとはsrcやクラスリン(たぶんライトチェーン)は神経特異的なエクソンを持ってますので、そこでプライマーを設定すると神経特異的になるかとおもいます。

(無題) 削除/引用
No.1220-6 - 2008/05/31 (土) 07:12:24 - 塩基
実験の主目的がLCMにて標的組織のみを抽出できるかというものですので、PCRしか実験系はないです。

(無題) 削除/引用
No.1220-5 - 2008/05/31 (土) 06:29:20 - おお
PCRにこしする必要もないかもと少し感じています。免疫染色とかできる可能性はないですか?

(無題) 削除/引用
No.1220-4 - 2008/05/31 (土) 01:25:56 - UC
私自身は、その辺の情報に疎いので知りません。
悪しからず。それにしても、塩基さんのアプローチ
だと、仮にある遺伝子を脳特異的としてピックアップ
した場合、それが脳特異的というのを示すのに、ポジコン
として脳組織のみからのPCRも必要になる気がします。同様
のことが周囲静脈組織にも言えるし、なかなか大変そうです。

こういうのはLCMを使えば解決できることなのか、経験が
ないのですが、興味のあるところです。

(無題) 削除/引用
No.1220-3 - 2008/05/30 (金) 23:23:47 - 塩基
ありがとうございます。

あまりよく知らないもので失礼しますが、ご存知でしたら何か特異性の高いもので有名なものがあれば教えてください。

(無題) 削除/引用
No.1220-2 - 2008/05/29 (木) 21:55:11 - UC
こんにちは。
グーグルスカラーで「brain-specific pcr」で検索すると
沢山かかってくるので、そこから抽出するのもありかと。
コンタミがないことのサポートにはなるかと思います。

血管、脳(硬膜)に特異的な遺伝子 削除/引用
No.1220-1 - 2008/05/29 (木) 20:27:09 - 塩基
いつもお世話になっております。
脳に隣接したある組織(吸収上皮をもつ組織)をターゲットにPCRなどを行っておりますが、RT-PCRの際にどうしても脳硬膜や周囲の静脈組織とのコンタミが問題になり、その点をレフェリーに指摘されます。

そこでコンタミがないことの実証のために血管や脳に特異的なものがあればそれを用いたPCRで、抽出したRNAにコンタミがないことを証明できると考えました。

どなたか静脈、もしくは脳特異的に発現するものをご存知の方がいればお教えください。

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