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マイクロサテライトマーカーの多型について トピック削除
No.1160-TOPIC - 2008/05/19 (月) 16:09:37 - UC
お世話になります。Microsatellite markerについて、ちょっと理解が不十分なところがあり、皆さんの知恵を拝借したいと思っています。
　例えば、あるゲノム領域にGCの繰り返し領域があるとします。父親は、このGCが20リピートで、母親が16リピートだったとき、子供のGCリピートは、両親のゲノムを1本ずつ受け継ぐので、16リピートと20リピートのヘテロになるのでしょうか。その際、そのゲノム領域は、16と20でマッチしないので、塩基同士の水素結合も不安定になるような気がしますが、どうなんでしょうか。初歩的な質問かも知れませんが、理解が浅いのを痛感しつつ･･･。
　
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No.1160-7 - 2008/05/22 (木) 17:11:16 - UC
う〜んとさん、ご返答ありがとうございました。
成る程、対立遺伝子の不活化なども影響してきますね。

昨日、5%の通常のアガロースゲルでRT-PCR産物を流して
見ましたが、数日前に2%ゲルでやったときと比して
明らかに分離能が上がり、半数のサンプルは、はっきりと
2本のバンドを示していました。状況的に、これはエクソン
内のtriplet repeat数の違いによるものだろうなという手応
えですが、別にこれをメインのテーマとしているわけではな
いので、もし、このリピート数の違いによって、ある治療に
対するレスポンスが異なるという情報でも入手できれば
genomic DNAも入手してシークエンスしてみようかなと思って
います。

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No.1160-6 - 2008/05/22 (木) 15:22:46 - う〜んと
片方の染色体上遺伝子がサイレンシングを受けて転写していないかもしれませんし、cDNA合成にはコストもかかりますし、あえてそれをやる合理性がないんでしょう。

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No.1160-5 - 2008/05/19 (月) 22:06:17 - UC
ご返答ありがとうございます。
実際には、アミノ酸をコードするエクソン領域のtriplet repeatでリピート数としては、2個から10個と報告している論文がありました。自分も、DNAで見れば済む話だとは思いましたが、現状、DNAはなくてcDNAだけがある状態なので、これで違いが見れるものだろうかと疑問に思ったもので。DNAを増幅してマイクロサテライトの多型を見るという話はよく聞きますが、cDNAから(エクソン領域の)マイクロサテライトの多型を評価するというのは聞いたことがないなぁ、というのがそもそもの疑問の発端でした。

(無題) 削除/引用
No.1160-4 - 2008/05/19 (月) 21:23:40 - おお
>[Re:3] UCさんは書きました :

> 　関連して、追加でもうひとつ質問があるのですが、この16リピートと20リピートを持つ子供の血液からRNAを取り出し、それからcDNAを合成し、この領域でRT-PCRをかけた場合、このリピート数の違いにより、バンドが2本見える可能性はありますでしょうか。

まず、その領域が転写されているかどうか、転写後イントロンとして認識され除かれていないかどうかで、見れるかどうか決まります。ただし、その領域がRNAの安定性に関与している場合は、一方が見にくくなるという問題もあります。
DNAをとって直にPCRすれば見れると思いますただこの場合は差が10ベース以下ということなので、PAGEを使った電気へいどうでないと違いを認識できないと思います。
あとPCRプロダクトはくり返し配列のため、その領域の合成時にスリッページによりラダーになります。そのラダーの分布で長くなっているとか決めれると思います。実際そういうデーターを随分昔に幾度と見てきたのですが今は改善されているかもしれません(現場については一度調査された方がいいかと思います)。

(無題) 削除/引用
No.1160-3 - 2008/05/19 (月) 17:24:39 - UC
　おおさん、ご返答ありがとうございます。染色体とDNAの2本鎖がごっちゃになってました。
　関連して、追加でもうひとつ質問があるのですが、この16リピートと20リピートを持つ子供の血液からRNAを取り出し、それからcDNAを合成し、この領域でRT-PCRをかけた場合、このリピート数の違いにより、バンドが2本見える可能性はありますでしょうか。

(無題) 削除/引用
No.1160-2 - 2008/05/19 (月) 16:46:15 - おお
タイ細胞で同等の染色体を2本持っているのですが、その一つの染色体は2本鎖のDNAで構成されています。母親由来の16リピートの染色体は16リピートのセンス鎖とアンチセンス鎖でできていて、そういう意味では子供の細胞の中でもミスマッチになることはありません。

マイクロサテライトマーカーの多型について 削除/引用
No.1160-1 - 2008/05/19 (月) 16:09:37 - UC
お世話になります。Microsatellite markerについて、ちょっと理解が不十分なところがあり、皆さんの知恵を拝借したいと思っています。
　例えば、あるゲノム領域にGCの繰り返し領域があるとします。父親は、このGCが20リピートで、母親が16リピートだったとき、子供のGCリピートは、両親のゲノムを1本ずつ受け継ぐので、16リピートと20リピートのヘテロになるのでしょうか。その際、そのゲノム領域は、16と20でマッチしないので、塩基同士の水素結合も不安定になるような気がしますが、どうなんでしょうか。初歩的な質問かも知れませんが、理解が浅いのを痛感しつつ･･･。
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