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in situ hybridize トピック削除
No.1135-TOPIC - 2008/05/15 (木) 13:40:29 - in situ
in situ hybridizationはmRNAの発現の評価として使用されてますが、
mRNA前駆体の発現量を評価してしまってる可能性はどのくらいあるのでしょうか?

ある遺伝子のintron部分にコードされてるようなものだと、
そういうことがありと思うのですが。
 
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(無題) 削除/引用
No.1135-4 - 2008/05/16 (金) 10:42:16 - AP
前駆mRNAはtransientなものですし、核内にあります。
ISHでは細胞質がよく染まり、核は抜けて見えます。
前駆mRNAのことは無視してかまわないと思います。

(無題) 削除/引用
No.1135-3 - 2008/05/15 (木) 20:07:20 - A
可能性としてmRNA前駆体を見ている可能性を除くのは難しいかと思います。
ただ基本的にin situ hybridizeのデータは「どの細胞でそのmRNAが
発現しているのか(おそらくその後の翻訳も)」を評価する為に用い
られるものだと思いますから私はその辺りを気にしていません。前駆体も
いずれmRNAになる予定だったのでしょうから。もしin situ hybridizeの
データで定量性を見ようとしているのであれば別の方法(ノザンブロット
やRT-PCRなど)で定量されたほうがいいかと思います。以前共同研究の
関係で組織学を専門としているラボに1年ほど出入りしたことがありますが
その時の教授は「in situ hybridizeの定量的な解析は信じない。」と
はっきりおっしゃってましたから。これは各組織切片間を比較する
コントロールが存在しないことが理由かと思います。

(無題) 削除/引用
No.1135-2 - 2008/05/15 (木) 13:55:11 - けい
ある遺伝子のmRNAに対してエクソン領域とイントロン領域の両方にプローブを設計し、Whole-mount In situをやったことがあります。

イントロンのプローブを使った場合、エクソンのプローブを使った時よりもかなりシグナルが弱くなりました。ただし、きちんと検出は可能です。

このため、mRNA前駆体の発現をエクソンのプローブでも検出している可能性はあると思いますが、検出感度の問題でmRNA前駆体の発現はあまり気にしなくても良いのではないかと思います。

in situ hybridize 削除/引用
No.1135-1 - 2008/05/15 (木) 13:40:29 - in situ
in situ hybridizationはmRNAの発現の評価として使用されてますが、
mRNA前駆体の発現量を評価してしまってる可能性はどのくらいあるのでしょうか?

ある遺伝子のintron部分にコードされてるようなものだと、
そういうことがありと思うのですが。

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