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Gel extractionについて トピック削除
No.1123-TOPIC - 2008/05/13 (火) 15:24:45 - 初心者
こんにちは。私は現在、250bpのDNA断片を切り出したいと思いGel extractionを行っていますが、うまくDNAを回収できません。使用しているキットはQIAEXU Gel extraction kitです。プロトコールにはきっちりしたがっているのですが、全然とれないです。なにかコツだったり、注意すべき点があれば教えてください。よろしくお願いします。
 
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No.1123-6 - 2008/05/14 (水) 10:21:53 - Pumpkin
QIAEX2ですが、わたしも全くとれないことがありました。

このときは、保証期間が常温で1年なんですが、3年前のものを使うということで、レジンサスペンジョンだけ新品で購入してバッファーはそのままのものを使った時です。この手のキットはバッファーが余りやすいので、ついついレジンだけ買ってしまうことがあるのですが、キアゲンによるとバッファーの性能もがくんと落ちるということでバッファーも新しくするように言われました。バッファーも新規になものにしてからは500bp長のPCR産物でおおよそ80%の回収率は得られました。ただ、バッファーは他のアプリからの転用となるので追加購入すると500mlボトルが一番小さい量で、これまたバッファーだけが余るという悪循環に陥りますので、ご注意ください。

また、washバッファーにはアルコールが添加されていると思いますが、当然年数がたったものは蒸発して濃度がおかしくなっていることが多分に考えられます。

その他には、レジンの風乾が不十分なのに溶出液を入れてしまって回収が不十分だとか、アルコールを持ち込んでいる溶出液を計測してきちんと測れていないなどのミスでしょうか。

新規に開封したばかりであれば、ハンドブックと皆さんの御助言にしたがってやってみるしかないですね。例えば、PCR産物を切り出してTAクローニングするのであれば5ng/ulであっても、総量10ulに溶かしていれば絶対量として50ngはとれているのですから問題ないですよね。

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No.1123-5 - 2008/05/14 (水) 07:41:06 - ~
>ビーズを落とすために遠心して、上清を使っていた
書き方が悪かったです。

試薬を使うときは、すべてフラッシュで壁面に付いた液を落としてから使うようにいわれた学生さんが、
QIAEX IIのビーズのチューブも遠心したためにビーズが沈殿した上清だけをゲル溶解液に入れたことがありました。

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No.1123-4 - 2008/05/13 (火) 22:52:40 - おお
一般的にこの手のキットはよくできていてそんなに注意するところがないようなきがしますが、、、、強いてとりあげるなら最初のゲルに加える試薬の量が少ないか、アルコールに加える試薬にアルコールを加えなかったと言う所がまずうたがわれます。最初にゲルに加える試薬はプロトコールより20ー30%多めでも少なくてロスするよりいいかと思います。

あとは単純な操作ミスかなぁ。ちょっとお示しのキットは使ったことがないですが、シリカに吸収させる方法だと思います。最近のキットはよくできていてTBEでもTAEでも収量がいいそうですが、もともとTBEはこの方法との相性はあまりよくないです。一度使っているゲル(アガロースの種類)との相性があるという話も聞いたような気がしますが、これは定かではないです。

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No.1123-3 - 2008/05/13 (火) 18:03:57 - A
せっかく市販のキットを使っているのですから
~ さんがおっしゃるようにまずマニュアルを確認して
問題点を洗い出してメーカーに確認するのが先決だと
思います。メーカーを販売している製品についての
情報を最も多く持っているはずですし、時には同じ
ようなトラブルについて他のユーザーが質問して
いることもありますし。その上でメーカーサイド
でも確認できないような質問ををここで聞いてみるのが
一番だと思います。

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No.1123-2 - 2008/05/13 (火) 16:13:16 - ~
全然とれないというのは、何ngを切り出して、何ngが取れている(又は全く取れていない)のですか?
そのキットを使ってラボの誰も回収できないのですか?
それとも初心者さんだけが回収できないのですか?

Handbookに本当にきっちり従っているのでしたら、初期不良じゃないかな位しか言えることは無いのですが…

私の周りで失敗した例だと、
ビーズを落とすために遠心して、上清を使っていた
QX IをケチってpHが下がった
PEにエタノールを入れ忘れた
がありましたが、どれもhandbookに書かれている注意点です。

また、ビーズをあまり乾かしすぎると溶出しにくくなるという人はいますが、
私はあまり気にしていません。
ゲルを溶かすために使った50℃のヒートブロックで乾燥させている人もいます。

Gel extractionについて 削除/引用
No.1123-1 - 2008/05/13 (火) 15:24:45 - 初心者
こんにちは。私は現在、250bpのDNA断片を切り出したいと思いGel extractionを行っていますが、うまくDNAを回収できません。使用しているキットはQIAEXU Gel extraction kitです。プロトコールにはきっちりしたがっているのですが、全然とれないです。なにかコツだったり、注意すべき点があれば教えてください。よろしくお願いします。

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